这些相互作用是基于特定RNA结构或序列的RNA与RNA结合蛋白之间的短暂接触。事实上今天我们要介绍的文章在2021年就投稿到了bioRxiv上,这篇文章中德国海德堡大学Katharina Höfer和Andres Jäschke团队发现蛋白质和RNA也可以通过共价键紧密结合在一起,这一过程被称为“RNAylation”。2022年有两篇文章相继报道了RNAylatio...
以下是一些RNA与蛋白质互作调控的新范式: 1. 蛋白质-RNA复合物:蛋白质和RNA在细胞内形成复杂的复合物,这些复合物在基因表达、细胞代谢等过程中起着重要的调控作用。例如,一些蛋白质可以与mRNA结合,通过影响mRNA的稳定性、翻译效率等方式调控基因表达。 2. RNA结合蛋白:一些蛋白质可以与特定的RNA序列结合,形成RNA-...
作者发现了其中一种名为ModB的ART,可以接受NAD或NAD-RNA作为底物,并将RNA链转移给特定的核糖体蛋白质rS1和rL2。 首先,作者利用放射性标记的NAD-RNA和荧光标记的NAD-RNA作为底物,发现ModB可以将RNA链转移给rS1,这与ModB使用NAD作为...
蛋白质是构成细胞和组织的基础材料,而RNA则在基因转录和翻译过程中发挥着至关重要的作用。本文将重点讨论蛋白质与RNA之间的互作关系及其对基因表达的影响。 一、蛋白质和RNA的结构与功能 蛋白质是由氨基酸组成的生物大分子,具有非常多样化的结构和功能。它们可以作为酶催化化学反应,也可以作为信号传递的分子、运输分子...
近日,德国海德堡大学Katharina Höfer和Andres Jäschke团队的上述工作以A viral ADP-ribosyltransferase attaches RNA chains to host proteins为题正式发表在了Nature上。该研究发现一种噬菌体来源的ADP-核糖基转移酶(adenosine diphosphate (ADP)-ribosyltransferases,ART)可以将自身RNA链与细菌宿主蛋白质连接在一起,即上...
专题(一)介绍转录因子与靶基因启动子、专题(二)介绍蛋白质与蛋白质的互作预测。 本次介绍蛋白质与RNA互作。先上应用实操总结(同专题一/二总结类似,看过可忽略直接进入实操正文): 优点:利用AlphaFold3预测蛋白与靶RNA互作,目前大概是生信预测类中最准确的方法。充分使用该工具,make it(互作机制研究) easier。建议结...
蛋白质和RNA是具有紧密关系的生物分子,能够通过物理相互作用参与完成细胞的周期并调控细胞的生物学过程。如果干扰了它们的正常相互作用,将会导致细胞功能紊乱,影响植物的生长发育。因此,研究RNA与蛋白质的相互作用,对于理解细胞内分子调控机制和植物的生长发育机理具有重要意义。
那么如何用AlphaFold3预测蛋白质与RNA互作呢? 第一步,通过Uniport网站获取候选基因的蛋白质序列(以MYC为例)。 第二步,通过NCBI获取RNA序列(以lncRNA H19为例)。 第三步,访问 AlphaFold Server(AlphaFold Server需要科学上网,而且建议使用Google浏览器,使用谷歌账号登录)和输入数据进行预测。
蛋白质和RNA是具有紧密关系的生物分子,能够通过物理相互作用参与完成细胞的周期并调控细胞的生物学过程。如果干扰了它们的正常相互作用,将会导致细胞功能紊乱,影响植物的生长发育。因此,研究RNA与蛋白质的相互作用,对于理解细胞内分子调控机制和植物的生长发育机理具有重要意义。
基于免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)的技术是我们研究蛋白与其它大分子类分子互作的关键技术之一,比如研究蛋白与蛋白互作的Co-IP,蛋白与RNA互作的RIP,蛋白与DNA互作的ChIP,其基本原理就是通过要研究目的蛋白的抗体进行免疫共沉淀,接下来根据要检测的分子类型通过各种方法进行检测。