RNA测序(RNA-seq)是一种用于研究转录组的工具,转录组是存在于一个或一组细胞中的总RNA分子,包括蛋白质编码RNA(mRNA)和调节或非编码RNA(miRNA、tRNA等)。 2.RNA-Seq有什么用? 1)检测并定量样品的转录组水平 2)检测RNA alternative splicing 3)检测transcript isoform 4)检测gene mutation 3.RNA-Seq实验的基本...
112 0 02:07:51 App R 包开发的介绍 259 0 21:35 App 基因甲基化介绍 2688 0 21:17 App Gene Ontology 2038 0 05:48 App 多层感知器 227 0 15:55 App 富集分析 274 0 01:15:44 App Rnaseq-生物信息学 702 0 15:11 App 使用IDEP进行转录组分析 1402 0 15:55 App 转录组测序(RNA-seq)数据...
关于RNA-seq的简单介绍 RNA-seq是一款可用于研究和/或定量两个或多个条件下基因表达的实验技术。 众所周知,基因可以给蛋白质的合成提供指导,而蛋白质会在细胞中发挥一定的作用。尽管所有的细胞都包含… 阅读全文 登录知乎,您可以享受以下权益: 更懂你的优质内容 ...
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。
RNA-Seq定量分析介绍
RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
首先,说下RNA-seq的研究目的,第一篇论文告诉了我们答案: 可以分为四个方面: 样本水平分析:这里主要通过计算不同生物之间的相似性,通过构造相似性矩阵或者相关矩阵来衡量不同sample的相似性。 基因水平分析:基因差异表达分析,这是RNA-seq最主要的目的了把,也是运用最多的,就是通过RNA反过来研究细胞特异性的基因,环境...
27:53 RNA-seq整体分析流程介绍 33:38 fastq数据介绍及具体质控结果查看 41:43 Count数据介绍 43:48 样本相似性分析:相关分析及PCA 50:13 Deseq2差异表达分析 57:37 差异结果解读以可视化解读 已关注关注重播分享赞关闭观看更多更多正在加载正在加载退出全屏切换到竖屏全屏退出全屏...