RNA测序(RNA-seq)是一种用于研究转录组的工具,转录组是存在于一个或一组细胞中的总RNA分子,包括蛋白质编码RNA(mRNA)和调节或非编码RNA(miRNA、tRNA等)。 2.RNA-Seq有什么用? 1)检测并定量样品的转录组水平 2)检测RNA alternative splicing 3)检测transcript isoform 4)检测gene mutation 3.RNA-Seq实验的基本...
介绍RNAseq, 视频播放量 1799、弹幕量 0、点赞数 31、投硬币枚数 10、收藏人数 101、转发人数 19, 视频作者 小云爱生信, 作者简介 我司将持续更新生物信息学,相关视频,文章,关注可私信提问哦!,相关视频:RNAseq数据中Fastq到count教程,FAST Q→BAM数据逐步处理过程,(
关于RNA-seq的简单介绍 RNA-seq是一款可用于研究和/或定量两个或多个条件下基因表达的实验技术。 众所周知,基因可以给蛋白质的合成提供指导,而蛋白质会在细胞中发挥一定的作用。尽管所有的细胞都包含… 阅读全文 登录知乎,您可以享受以下权益: 更懂你的优质内容 ...
RNA-Seq定量分析介绍
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。
RNA-Seq数据,在这里指的是基于NGS测序技术,在转录组水平对样本中基因表达进行定量,得到的counts数据,比如HTseq,hisat2,RSEM等上游定量分析软件得到的counts矩阵。 得到样本基因表达数据后,我们通常会对不同样本分组,然后进行差异表达分析,将基因表达变化与表型联系起来,解释与表型...
首先,说下RNA-seq的研究目的,第一篇论文告诉了我们答案: 可以分为四个方面: 样本水平分析:这里主要通过计算不同生物之间的相似性,通过构造相似性矩阵或者相关矩阵来衡量不同sample的相似性。 基因水平分析:基因差异表达分析,这是RNA-seq最主要的目的了把,也是运用最多的,就是通过RNA反过来研究细胞特异性的基因,环境...
虽然scRNA-seq是一种功能强大且有见地的可以从单细胞水平分析基因表达的方法,但仍存在许多挑战和变异来源,这可能会使数据分析变得复杂或有限。 总体而言,我们建议关注以下内容: 除非对你所研究的实验问题非常有必要,否则不要做单细胞 RNA-seq。你可以使用更简单且成本更低的批量测序来解决这个问题。也许 FACS 可以对...