RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术,它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度。RNA-seq方法的产生源自于测序技术的世代革新。RNA-seq数据可以让我们知道很多未知的东西,比如,我们可以识别出胚胎干细胞中编码新蛋白质的转录本,可以找到皮肤癌细胞中那些过...
通过结合新兴的三代长读长long-read和direct RNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 前言 RNA测序(RNA-seq)自诞生起就应用于分子生物学,帮助理解各个层面的基因功能。现在的RNA-seq更常用于分析差异基因(DGE,...
关于RNA-seq的简单介绍 RNA-seq是一款可用于研究和/或定量两个或多个条件下基因表达的实验技术。 众所周知,基因可以给蛋白质的合成提供指导,而蛋白质会在细胞中发挥一定的作用。尽管所有的细胞都包含相同的DNA序列,肌肉细胞同神经细胞以及其他类型的细胞还是不同的,原因在于在这些细胞中被开放(turned on)的基因不同...
本文将对第一代至第三代测序技术的原理和特点进行简要的介绍。注：除Direct-Seq外的测序技术都涉及到DNA链的合成，当用于RNA测序时，会先通过逆转录PCR（RT-PCR）合成cDNA文库，再进行测序。第一代测序技术（Sanger Method）第一代测序技术由Fred Sanger提出，被称为Sanger Method，是分子测序领域“从无到有”的...
RNA-Seq测序,又称RNA sequence测序,即转录组测序,简称RNA测序,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。 什么是转录组? 转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生...
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。
2. RNA-seq的主要步骤 2.1 准备RNA测序文库(基于illumina protocol介绍) 具体而言,建库又分以下步骤: Step 1: 提取待测样本的RNA Step 2: 将RNA打断成小的片段。 RNA的长度有数千个碱基,而测序仪的读长只有200到300个bp,故打断成片段后才能完成测序。
本文将介绍RNA-seq的原理、方法和应用。 一、RNA-seq原理 RNA-seq的原理基于测序技术,通过将RNA样本转录成cDNA,然后进行高通量测序,最后利用计算方法分析测序结果。具体步骤如下: 1. RNA提取:从细胞或组织中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等各种类型。 2. RNA片段化:将提取的RNA进行片段化处理,通常采用酶或碱性...