进一步，对3组样本在克隆型多样性、V/J基因使用特征、CDR3长度分布、CDR3区氨基酸组成及理化性质等方面进行了比较分析。此外，本研究还基于相关结果构建了脑胶质瘤免疫组库数据库(http://www.oncoimmunobank.cn/glicrdb/database/homepage)图2. 不同组别的TCR克隆型chao1富集指数比较 案例2：基于RNA-seq数据发现...
rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(tidyverse)library(clusterProfiler)library(msigdbr)#install.packages("msigdbr")library(GSVA)library(GSEABase)library(pheatmap)library(limma)library(BiocParallel)setwd("C:/Users/Lenovo/Desktop/test")source('FUNCTIONS.R')load(file='1.counts.Rdata')#包含...
AnnotationHub 是访问基因组数据或查询大量全基因组资源的绝佳资源,包括 ENSEMBL、UCSC、ENCODE、Broad Institute、KEGG、NIH Pathway Interaction Database 等。所有这些信息都已存储并可通过直接连接轻松访问数据库。 要开始使用 AnnotationHub,我们首先加载库并连接到数据库: # Load libraries library(AnnotationHub) library...
AnnotationHub 是访问基因组数据或查询大量全基因组资源的绝佳资源,包括 ENSEMBL、UCSC、ENCODE、Broad Institute、KEGG、NIH Pathway Interaction Database 等。所有这些信息都已存储并可通过直接连接轻松访问数据库。 要开始使用 AnnotationHub,我们首先加载库并连接到数据库: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代...
1.2 MSigDB(Molecular Signatures Database): 分子特征数据库。一般进行GSEA或GSVA使用的就是该数据库中的基因集,我们也可以自定义基因集。MSigDB所包含的基因集如下所示: KEGG信息包含在C2中,GO信息包含在C5中。 1.3 GSEA中关键概念 ES(Enrichment Score):富集得分ES反应基因集成员s在排序列表L的两端富集的程度。计...
### 对 MigDB( Molecular Signatures Database)中的基因集做GSVA分析 ### ## 用手动下载基因集做GSVA分析 d <- 'C:/Users/Lenovo/Desktop/test/gmt' #存放gmt文件的路径 gmtfs <- list.files(d,pattern = 'symbols.gmt') # 路径下所有结尾为symbols.gmt文件 gmtfs kegg_list <- getGmt(file.path(...
进一步,对3组样本在克隆型多样性、V/J基因使用特征、CDR3长度分布、CDR3区氨基酸组成及理化性质等方面进行了比较分析。此外,本研究还基于相关结果构建了脑胶质瘤免疫组库数据库(http://www.oncoimmunobank.cn/glicrdb/database/homepage) 图2. 不同组别的TCR克隆型chao1富集指数比较...
( 图 5) 表明, 两 种分子标记筛选到的 78 个共有基因中,有 54 个在 180 生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2023,Vol.39,No.8 表 4 候选区间内基因的功能注释结果统计 Table 4 Statistics of functional annotation results for genes in candidate intervals 功能注释数据库 Annotated database eggNOG ...
This database allows researchers to search these four different types of analysis results via our interactive web interface. YM500 allows researchers to define the criteria of isomiRs, and also integrates the information of dbSNP to help researchers distinguish isomiRs from SNPs. A user-friendly ...
However, no existing RNA-Seq database provides all of the following features: (i) large-scale and comprehensive data archives and analyses, including coding-transcript profiling, long non-coding RNA (lncRNA) profiling and coexpression networks; (ii) phenotype-oriented data organization and searching...