Search gene expression levels from 44,000+ public plant RNA-Seq libraries and 28,000+ Arabidopsis RNA-seq libraries Arabidopsis (28,164libraries) Maize (19,664libraries) Rice (11,726libraries) Soybean (4,085libraries) Wheat (5,816libraries) ...
这需要较少数量的微阵列或RNA seq 库(使用1385个微阵列样本,CoNekT使用913个RNA序列样本),ARS可以通过简单的“Google-like”搜索从20000多个拟南芥RNA seq-101文库中快速提取任意基因的丰度信息,并对组织102特异性、发育阶段、胁迫相关以及突变体和103种治疗方法的差异表达进行多重可视化。
Moroidins are plant ribosomally-synthesized and posttranslationally-modified peptides with anticancer activity. Here, the authors generate a searchable database of publicly available plant RNAseq data and identify a moroidin analog with higher cytotoxic activity. ...
2021年5月4日,浙江大学樊龙江教授团队在Molecular Plant在线发表了题为“PlantscRNAdb: A Database for Plant Single-cell RNA Analysis”论文,介绍了他们刚刚建立的植物单细胞RNA(scRNA)分析数据库“PlantscRNAdb”。 PlantscRNAdb数据库目前涵盖了已开展单细胞研究的4个模式植物(拟南芥、水稻、番茄和玉米),提供了多...
RNA-Seq 结果显示对生物和非生物胁迫的响应相关的9个基因有差异表达,其中6个基因在OE-ZmCCT中上调,3个基因下调。Dual-LUC测定结果证实了 RNA-Seq 的结果(图5b、6a)。这9个基因中的4个,即ZmVOZ1 、ZmARR16、ZmHY5和ZmMPK3,已知与干旱胁迫反应有关。结果进一步表明,ZmCCT与ZmVOZ1和ZmARR16启动子结合抑制其...
该数据库提供了独特的功能,包括翻译潜力数据、源自单细胞RNA测序和Ribo-seq分析的细胞特异性相互作用网络以及交互式可视化工具。ncPlantDB提供了一个用户友好的界面,用于在单细胞水平上探索ncRNA表达模式,促进组织特异性ncRNA和潜在ncPEP的...
RNA-Seq, Transcriptomics, Gene-expression, Visualisation, Database, Agriculture, Barley, Maize, Rice, Wheat, TomatoBackground: The genome-wide expression profile of genes in different tissues/cell types and developmental stages is a vital component of many functional genomic studies. Transcriptome data...
Current RNA-seq evidence of mRNA mobility is largely due to noise in the data A substantial number of messenger RNAs (mRNAs) annotated as graft-mobile on the basis of RNA sequencing (RNA-seq) data lack statistical support. Known technical issues, such as RNA sequencing noise, mapping errors,...
2023年5月13日,华中农业大学曹扬荣教授团队与东北农业大学陈庆山教授合作在The Plant Cell上在线发表了题为“GmNAC039 and GmNAC018 activate the expression of cysteine protease genes to promote soybean nodule senescence”的研究论文,该文章利用CUT&Tag技术联合RNA-seq,解析了大豆根瘤衰老的分子调控机制。该研究同...
PlantscRNAdb数据库目前涵盖了已开展单细胞研究的4个模式植物(拟南芥、水稻、番茄和玉米),提供了多种来源的细胞类型标记基因信息,如早期实验、RNA-Seq和scRNA-Seq等途径获得的标记基因。 * 目前提供的标记基因中,大多数(> 90%)来自最近的植物scRNA表达差异鉴定。为明确这类标记基因的可信度等级,樊龙江团队重新分析scR...