植物单细胞核测序(Plant snRNA-Seq_)—核分离篇 目前植物单细胞应用大部分选择通过酶解方法去除细胞壁,制备原生质体后进行单细胞测序(scRNA-seq)。但不同植物相同组织/相同植物不同组织之间原生质体解离所需的方案差距巨大,无法广泛应用,同时多数植物存在丰富的次生代谢产物,其中酚、生物碱类化合物是植物中最重要的次...
2022年10月22日,Nucleic Acids Research在线发表了南京农业大学高等交叉研究院生物信息学中心窦道龙团队题为PlantExp: a platform for exploration of gene expression and alternative splicing based on public plant RNA-seq samples的研究论文。 在这里,我们介绍了PlantExp(图1),这是一个基于85个植物物种、24个植物...
RNA-seq数据(C)和Northern blotting(D)均表明玉米R1叶在热胁迫后显著诱导了(B)中所示的19-nt SRNA。RNA-seq(E)和RT-qPCR(F)结果表明,热胁迫诱导了玉米R1-叶片中HCF152的表达。G热图显示PPR基因在48HAH的R1-叶中差异表达的模式。 4玉米雄穗和根中转座子衍生的24-nt siRNA对热胁迫的响应显著降低 从sRNA...
2023年5月13日,华中农业大学曹扬荣教授团队与东北农业大学陈庆山教授合作在The Plant Cell上在线发表了题为“GmNAC039 and GmNAC018 activate the expression of cysteine protease genes to promote soybean nodule senescence”的研究论文,该文章利用CUT&Tag技术联合RNA-seq,解析了大豆根瘤衰老的分子调控机制。该研究同...
基于RNA测序(RNA-seq)的转录组分析已成为现代植物生物学中不可缺少的研究工具。几乎所有的RNA-seq研究都提供了稳态转录组的研究结果,它包含了一定时间内所有RNA的信息,但却缺乏RNA合成和降解的动态信息。只有几种专门的测序技术,如GRO-seq,可以提供植物RNA合成速率的信息。本研究证明了用修饰的、无毒的尿苷类似物5-...
最近有一篇小麦RNA-seq的文章发到plant cell上，也有一篇大麦转录组的文章发到plant journal上。当我看到文章的时候，第一时间发给了胖丫，兴奋的给胖丫说：“看看小麦转录组文章发到plant cell，plant journal了。”胖丫看我这么兴奋，一脸不屑的说道：“看你没见过世面的样子，当年我都见过小麦转录组发science呢，...
为进一步探讨OPDA/JA通路调控的基因在玉米盐胁迫下的表达模式,对盐胁迫处理以及OPDA或JA处理的WT植株进行了RNA-seq分析。分别筛选不同处理条件下的DEGs,并进行KEGG和GO富集分析,发现主要富集在与胁迫相关的各种生物途径中。随后,还对若干与盐胁迫相关的DEGs开展了RT-PCR验证。结果表明OPDA或JA处理引发的玉米转录组变化...
已知参与生长素合成和分解代谢的基因与MdBPC2-OE转基因品系的1020个基因进行比较,共发现3个重叠基因,分别是MdYUC2a和MdYUC6b以及MdGH3.1a,并且在3个转基因株系中表达下调。为了验证RNA-seq表达谱数据,通过qRT-PCR分析了这3个基因,发现表达趋势与转录组数据一致,这也说明了RNA-seq技术的准确性。
RNA-seq结果显示,OsKAN1ox过表达植株中OsYAB5的表达水平降低,表明OsKAN1可能还参与OsYAB5的转录调控。通过荧光素酶(LUC)测定、EMSA、ChIP-qPCR等实验证明OsKAN1可以直接结合OsYAB5的启动子并抑制其表达,并且OsKAN1-OsYAB5相互作用形成的功能...
通过不同植物蛋白序列比较和结构域功能替换,发现CPR5是一个SR家族Tra2亚家族RNA结合蛋白。Tra2亚家族是一类非典型的SR家族蛋白,具有SR-RRM结构域排列次序 (RNA识别结构域RRM排列在SR结构域之后) 。典型的SR家族蛋白具有RRM-SR结构域排列次序 (RRM排列在SR结构域之前) 。RNA-seq分析发现473个受CPR5调控的RNA可变...