参考文献:[1]Conde D, Triozzi PM, Balmant KM, Doty AL, Miranda M, Boullosa A, et al. (2021) A robust method of nuclei isolation for single-cell RNA sequencing of solid tissues from the plant genus Populus. PLoS ONE 16(5): e0251149.https://...
单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 已成为描述人类细胞转录组的常用工具,但该技术尚未广泛应用于植物细胞。这里,研究者描述了一个在花生叶中成功开发的原生质体细胞分离系统。基于标记基因,应用 scRNA-seq 将总共 6,815 个单细胞分成 8 个细胞簇。使用伪时间分析来描述叶片生长过程中不同细胞类型的转录因子(TF)的发育...
传统的转录组分析需要成千上万个细胞,这样得到的平均结果会过滤掉不同细胞的特异信息,限制人们理解重要生命活动中不同细胞的“分工”。单细胞转录组测序 (Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是对单个细胞mRNA进行高通量测序的一项技术。近些年来,单细胞转录组测序技术的发展,为理解细胞的异质性和细胞内基因表达...
In this chapter, we provide information regarding the critical steps and important information to consider when developing an experimental design in plant single-cell biology. We also describe the current status of bioinformatics tools used to analyze single-cell RNA-seq datasets and how additional ...
文章信息题目:Single-cell RNA-seq describes the transcriptome landscape and identifies critical transcription factors in the leaf blade of the allotetraploid peanut (Arachis hypogaea L.)刊名:Plant Biotechnology Journal日期: 26 June 2021作者:Hao Liu, Yanbin Hong et al.单位:广东省农业科学院作物研究所...
题目:Single-cell RNA-seq describes the transcriptome landscape and identifies critical transcription factors in the leaf blade of the allotetraploid peanut (Arachis hypogaea L.) 刊名:Plant Biotechnology Journal 日期: 26 June 2021 作者:Hao Liu, Yanbin Hong et al. 单位:广东省农业科学院作物研究所...
2020 年 6 月 24 日,河南大学孙旭武教授课题组在 Molecular Plant 杂志(IF: 12.813)在线发表了题为“Global Dynamic Molecular Profiles of Stomatal Lineage Cell Development by Single-Cell RNA Sequencing” 的文章。该研究首次运用单细胞 RNA-seq 技术解析了拟南芥气孔谱系细胞发育进程中的转录组动态模式。
PlantscRNAdb: A database for plant single-cell RNA analysis 数据库开发背景 (1)随着测序技术的发展,scRNA-seq已经被广泛用来研究植物基因表达组织异质性。scRNA-seq数据量快速增长,需要建立数据库和工具来容纳和分析这些数据。 (2)许多scRNA-seq数据库都是利用人类和模式动物的数据开发的。目前还没有针对多个植物...
原名:Single cell RNA sequencing and its promise in reconstructing plant vascular cell lineages 译名:单细胞RNA测序及其在植物维管细胞重建中的应用前景 期刊:Current Opinion in Plant Biology IF:7.508 发表时间:2019.5 通讯作者:Siobhan M Brady 通讯作者单位:加利福尼亚大学 ...
来自北京林业大学的谢剑波教授等人在Plant Biotechnology Journal杂志上发表了名为“Single-cell RNA sequencing profiles of stem-differentiating xylem in poplar”的研究论文,通过对杨树茎次生木质部的单细胞测序,揭示SDX组织细胞类型及关键调控...