1--1,1--2为对照组，我们设定method为DEseq2也是支持的，不过流程可能会有一些区别，我们放到下一期讲...
NCBI与EBI同属于INSDC:International Nucleotide Sequence Database Collaboration,提交给所属三个数据库的数据是可以互通的。该架构内容具体如下: NCBI: National Center for Biotechnology Information EBI: European Bioinformatics Institute DDBJ:DNA Data Bank of Japan SRA数据库: Sequence Read Archive, 是一个保存高...
AnnotationHub 是访问基因组数据或查询大量全基因组资源的绝佳资源,包括 ENSEMBL、UCSC、ENCODE、Broad Institute、KEGG、NIH Pathway Interaction Database 等。所有这些信息都已存储并可通过直接连接轻松访问数据库。 要开始使用 AnnotationHub,我们首先加载库并连接到数据库: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代...
RNA-seq:最长转录本提取 导读 本文将介绍为什么要提取最长转录本,以及如何从fasta和gff3文件中提取最长转录本。 1. Why 由于可变剪切的存在,通常一个基因可以转录为多个转录本。但是如果将多个转录本同时进行分析,那么分析会因此受到影响。所以,目前的解决办法是,选取一个最具代表性的转录本(最长转录本)来进行分析...
此外，本研究还基于相关结果构建了脑胶质瘤免疫组库数据库(http://www.oncoimmunobank.cn/glicrdb/database/homepage)图2. 不同组别的TCR克隆型chao1富集指数比较 案例2：基于RNA-seq数据发现预测HER2+乳腺癌患者化疗疗效的BCR/TCR标志物 [4]免疫微环境是HER2+乳腺癌患者治疗预后的重要因素，鉴定免疫标记物对优化...
Library Prep Zymo-Seq RiboFree Total RNA Library Kit (cat. R3000) rRNA Depletion Enzymatic rRNA depletion compatible with any species Data Visualization Sample similarity matrix, MDS plot, heatmap with top gene expression patterns, scatter plot, MA plot Statistical Analysis Differential gene expressio...
该数据库（Plant Public RNA-seq Database, PPRD）整合了来自GEO、SRA、ENA和DDBJ数据库中几乎所有的玉米（19,664）、水稻（11,726）、大豆（4,085）、小麦（5,816）和棉花（3,483）的RNA-seq文库资源。该工作对所有的文库信息进行整理和分类，得到大量的突变体、处理条件以及不同组织和生长发育时期的文库，...
Addressing this, we introduce a single-cell and spatial RNA-seq database for Alzheimer’s disease (ssREAD). It offers a broader spectrum of AD-related datasets, an optimized analytical pipeline, and improved usability. The database encompasses 1,053 samples (277 integrated datasets) from 67 AD...
# --database 基因组注释时,选择的数据库 # --gtffile 注释文件 # --genome 基因组序列文件 # --outfile 输出文件 最长转录本,输出结构示例: 最长转录本 最长CDS,输出结构示例: 最长CDS 4. code 代码过长,下面只展示部分。 code 参考资料