RIP,全称为RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay,RNA 结合蛋白免疫沉淀,其主要目的是富集RNA分子和与之相互作用的蛋白质,以便进一步分析这些相互作用的性质和功能。RIP的基本步骤如下:① 交联: 首先,将细胞或组织样本进行交联,通常使用交联剂(如甲醛)处理,以稳定RNA和与之相互作用的蛋白质。② 细胞裂解: 细胞...
是真的超级近）。即使RNA和蛋白质在空间上离得很近，但没有直接物理结合，通常不会被有效地紫外交联起...
1.交联:首先,细胞或组织样品被处理以交联RNA和蛋白质的相互作用。通常使用交联剂如甲醛来固定RNA和蛋白质的结合状态。 2.细胞裂解:交联后,细胞或组织样品会被裂解,使得RNA和蛋白质释放到溶液中。 3.免疫沉淀:接下来,在细胞裂解产物中加入针对目标蛋白质的抗体,通过抗体与蛋白质的特异性结合,将目标蛋白质及其结合的...
与传统的RNA-蛋白质相互作用分析技术相比,如RIP(RNA免疫沉淀)和CLIP(交联免疫沉淀)等,TREX技术在几个关键方面展现出显著优势: 特异性高:TREX技术通过特定的DNA探针直接靶向RNA序列,避免了非特异性背景的干扰,提高了实验的特异性和准确性。 灵敏度高:利用RNase H酶的高效率降解机制,TREX能够从大量非特异性蛋白中准确...
2. RNA提取:将交联后的细胞进行裂解,提取RNA,使用biotin化寡核苷酸探针进行RNA的寡核苷酸捕获。 3.免疫共沉淀:将biotin化的RNA探针与细胞提取物进行共沉淀,使用带有亲和标签的抗体捕获RNA-蛋白质复合物。 4. 洗涤和纯化:将共沉淀物进行洗涤,去除非特异性结合的RNA和蛋白质。然后使用热水解的方法将RNA-蛋白质交联断...
使用TREX技术进行RNA-蛋白质复合物的提取与鉴定 交联后的样本需要经过一系列的步骤来提取RNA-蛋白质复合物,并进行后续的鉴定。TREX技术的核心在于使用特异性的DNA探针和RNase H酶精确地剪切目标RNA,从而释放出与其结合的蛋白质。 将交联的样本用裂解液处理,释放细胞内的RNA-蛋白质复合物。添加特异性的DNA探针,这些探...
研究人员可通过RNA-蛋白质交联鉴定体内两者的相互作用,原理是在变性情况下,排除非共价结合的相互作用,纯化RNA,接着只提取发生交联的蛋白以用于鉴定。 甲醛是一种小的双功能交联剂,可以很容易地渗透细胞并交联2Å距离内的大分子,包括蛋白质—蛋白质,蛋白质—DNA和蛋白质—RNA复合物,形成可逆的共价连接,导致很难区分...
本文聚焦了另一种醛容易诱导产生的毒性机制,即诱导RNA-蛋白交联(RNA-protein crosslink,RPC),其会使得核糖体停滞并抑制人体细胞翻译。作者在本文中展示了甲醛诱导的RPC中的mRNA会被K6连接的E3泛素连接酶RNF14识别从而降解。 首先,作者评估...
本文我们介绍了两种常用的内源RNA下拉法,体内策略的优点是细胞内RNA-蛋白质交联的应用,它可以用于“冻结”生理性 RNA-蛋白质复合物并保持细胞内的瞬时蛋白质-RNA 相互作用。当然,每种策略都有优缺点,需要根据RNP的特征选择合适的方案。吉凯基因长期致力于各分子互作的研究,有需要的老师,赶紧咨询吧!!!
一、实验原理紫外交联仪的实验原理是利用紫外线照射将RNA与蛋白质进行交联。在实验中，先将样本进行紫外线照射，使RNA与蛋白质的分子链产生共价结合，从而将它们长久地连接在一起。这种交联反应可以在细胞或组织样本中的RNA和蛋白质之间建立长久的相互作用关系。二、实验步骤 1.样本准备在进行紫外交联实验之前，首先需要...