近日,来自德国分子生物学研究所的Petra Beli团队以K6-linked ubiquitylation marks formaldehyde-induced RNA-protein crosslinks for resolution为题在Molecular Cell杂志发表了其最新的研究成果,他们发现甲醛能够诱导RNA-蛋白质交联物(RNA-protein crosslinks,
在这里,我们开发了一种光催化交联(PhotoCAX)策略,结合质谱(PhotoCAX-MS)和RNA测序(PhotoCAX-seq)来研究蛋白质-RNA相互作用的组成和动力学。通过将蓝光触发的光催化剂与双功能RNA-蛋白质交联剂(RP-Linker)和基于相分离的浓缩策略相...
将PhotoCAX 技术应用于活细胞中 RNA-蛋白质相互作用的全局分析。从 HEK293 细胞中提取交联的 RNA-蛋白质复合物,并用液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) 分析样品。在这个 PhotoCAX-MS 分析中,在三个独立实验中总共鉴定了 2044 种蛋白质,其中至少有两次重复实验中的 1402 种蛋白质。其中,827 种蛋白质以前没有通过...
1. 亚甲基蓝(MB)水溶液,2.5 mg/ml。-20℃ 避光保存。 2. [ α-32P ] 标记的 RNA。如果转录模板未被 DNase 消化,dsDNA 可以同 MB 结合而增加交联反应所需的 MB 浓度。如果操作中便用互补的 ssRNA 则需要先对其进行退火 ( 将同位素标记的 RNA 2~5 倍的互补末标记 RNA 混合,加热 5 min,室温缓慢冷却。
一、实验原理紫外交联仪的实验原理是利用紫外线照射将RNA与蛋白质进行交联。在实验中，先将样本进行紫外线照射，使RNA与蛋白质的分子链产生共价结合，从而将它们长久地连接在一起。这种交联反应可以在细胞或组织样本中的RNA和蛋白质之间建立长久的相互作用关系。二、实验步骤 1.样本准备在进行紫外交联实验之前，首先需要...
B、紫外线交联免疫共沉淀(CLIP)已被开发为使用UV测定RNA-蛋白质复合物体内交联的常用方法,B正确; C、RNA pull-down实验是一种用于寻找RNA靶标的实验方法,它结合了RNA杂交技术和亲和层析技术,该实验的主要原理是利用一种与目标RNA互补的DNA探针固定在琼脂糖珠上,通过混合样品中的RNA和蛋白质来鉴定RNA的结合伴侣,可...
亚甲基蓝介导的光交联反应是对紫外交联反应的一个补充。亚甲基蓝属于酚噻嗪类染料。由于其环结构,亚甲基蓝可以在较低的浓度同核酸结合,插入碱基。浓度较高时,亚甲基蓝带阳离子,可以与磷酸二酯骨架通过静电力结合。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞。实验方法原理亚甲基蓝介导的光交联反应是对紫外交联反应...
基于补骨脂素光化学反应的 RNA-蛋白分子复合物分析法,能够在数据相对缺乏的情况下分析生理条件下的 RNA-蛋白复合物的拓扑构象。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编:郑晓飞。 实验材料 蛋白酶K 试剂、试剂盒 变性胶电泳缓冲液非变性胶电泳缓冲液结合缓冲液水解缓冲液丙烯酰胺储存液RNA 洗脱缓冲液四甲基乙二胺过硫酸铵...
- RNA交联:对于RNA研究,紫外交联仪可以用于交联RNA与蛋白质或其他分子,以研究RNA的结构和功能。 - 蛋白质交联:紫外交联仪可用于固定蛋白质在凝胶或膜上,用于蛋白质电泳分析、免疫印迹等实验。 - 细胞固定:紫外交联仪还可用于固定细胞在培养皿或载玻片上,用于细胞免疫染色、细胞凋亡分析等实验。
iCLIP技术 | iCLIP技术(individual-nucleotide resolution UV crosslinking and immunoprecipitation)是一种用于表征RNA结合蛋白与RNA交互作用的高通量测序方法,能够以亚单核苷酸分辨率定义RNA和蛋白质交互位点。 iCLIP技术可以在细胞中用紫外线刺激将RNA和蛋白质交互结合的位点上进行交联,并且通过RNA免疫分离和蛋白质酶切等...