首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
DEseq2的原理如下: 定量结果文件读入: ## R包的下载及调用 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") BiocManager::install("ggplot2") suppressMessages(library(DESeq2)) suppressMessages(library(ggplot2)) ## 输入定量结果...
一个有用的方法就是火山图,对于火山图而言,最为重要的两个参数就是log2 (fold change)和-log10 (adjusted P value),它们分别是火山图的横纵坐标(详细的说明,大家可以去B站“开心doctor”在2022年03月11日发布的一个视频“组学数据处理之火山图”。 结合第一部分汇总的火山图常见形式,我们基本可以推测出火山图...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
差异表达结果可以通过火山图、热图和MA图进行可视化。常用工具包括ggplot2和pheatmap。 等位基因特异性表达的测量 RNA-seq可测量等位基因特异性表达(ASE),以揭示遗传变异的顺式调控效应。在典型的RNA-seq实验中,只有在基因转录区域包含杂合单核苷酸多态性(aseSNP)时才能测量ASE,aseSNP可用于识别来自每个基因拷贝的读段。
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1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调...
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第二步:识别两类样本中差异表达的基因,并绘制火山图。可以使用edgeR或者DESeq2进行基因表达差异分析,可视化的火山图如图所示。红色的点代表差异表达的基因,黑色的点代表未显著差异表达的基因。x轴代表基因的转录水平(CPM, counts per million),y轴代表两组样本的相对差异(logFC, log(fold ...