首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以左上角和右上角的值往往是我们关注的...
一个有用的方法就是火山图,对于火山图而言,最为重要的两个参数就是log2 (fold change)和-log10 (adjusted P value),它们分别是火山图的横纵坐标(详细的说明,大家可以去B站“开心doctor”在2022年03月11日发布的一个视频“组学数据处理之火山图”。 结合第一部分汇总的火山图常见形式,我们基本可以推测出火山图...
RNA-seq还可以找出点突变,这个呐,是一张泡泡图,来表示我们所找到的点突变。发生突变频率最高的这个基因,就用最大的泡泡来表示。(突变)频率低一点的,就画一个小一点的泡泡(频率),再小一点,那么再小一点的泡泡。 这些泡泡呈逆时针排列,形成这样一个泡泡图。 参考:https://4ps885W_6QffLclCig...
RNA-SEQ(四):火山图 题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:de...
那么，可想而至，绘制火山图，需要三列数据，即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以，火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。在RNAseq测序中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，如下：
如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 9420播放 通路调控网络～富集分析后如何快速筛选出核心通路 ...
RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调基因。
RNA seq RNAseq 主要介绍RNA的高通量测序 1、方法原理; 2、生物信息分析,表达差异、火山图展示、聚类分析、GO、Pathway、可变剪接、融合基因、点突变 应用:了解各种比较条件下所有基因的表达情况的差异 正常组织 vs. 肿瘤组织 药物治疗前后 不同发育阶段
火山图,顾名思义,就是像火山喷发的图。如下图为 2 个样本的 RNA 的表达量的对比。 以此图为例,横轴以原点为界,正负表示某个基因的表达是上升,还是下降;纵轴表示这种差异的置信程度,往正方向置信程度越高。图中的散点表示两个样本当中同一个基因的 mRNA...