RNA-seq还可以找出点突变,这个呐,是一张泡泡图,来表示我们所找到的点突变。发生突变频率最高的这个基因,就用最大的泡泡来表示。(突变)频率低一点的,就画一个小一点的泡泡(频率),再小一点,那么再小一点的泡泡。 这些泡泡呈逆时针排列,形成这样一个泡泡图。 参考:https://4ps885W_6QffLclCig...
火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transcriptome...
RNA-SEQ(四):火山图 题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:de...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
那么，可想而至，绘制火山图，需要三列数据，即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以，火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。在RNAseq测序中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，如下：
同时可以我们观察到:由于火山图的横纵坐标是确定的,所以其外观基本就确定了,但是仍然有勇于钻研的大神在“美化”方面做了改进,主要是配色方面,如颜色的选择以及设置渐变色。 三、如何基于R生成热图? 下面将以“呈现组间关键的差异基因”为目的,展示基于R的实战过程。(想获得练习数据,可在公众号输入:Bulk RNA-seq练...
RNA seq RNAseq 主要介绍RNA的高通量测序 1、方法原理; 2、生物信息分析,表达差异、火山图展示、聚类分析、GO、Pathway、可变剪接、融合基因、点突变 应用:了解各种比较条件下所有基因的表达情况的差异 正常组织 vs. 肿瘤组织 药物治疗前后 不同发育阶段
如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 9420播放 通路调控网络～富集分析后如何快速筛选出核心通路 ...
火山图 差异基因通路富集分析 GO和KEGG数据库是最常用到的两个数据库。GO 数据库适用于各个物种。包含...