RNA-Seq分析中(一)——用R画带基因名标签的火山图 生信狗的修炼秘籍 华中农业大学 生物信息学硕士 13 人赞同了该文章 火山图(volcano plot)常用于显著差异基因表达的展示,包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05,差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。
一个有用的方法就是火山图,对于火山图而言,最为重要的两个参数就是log2 (fold change)和-log10 (adjusted P value),它们分别是火山图的横纵坐标(详细的说明,大家可以去B站“开心doctor”在2022年03月11日发布的一个视频“组学数据处理之火山图”。 结合第一部分汇总的火山图常见形式,我们基本可以推测出火山图...
RNA-SEQ(四):火山图 题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:de...
在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客...
火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transcriptome...
RNA-seq是高通量测序中最常见的一种应用,本期视频介绍其: 1.方法原理 2.生物信息分析 表达差异 (1)火山图展示 (2)聚类分析 (3)GO分析 (4)Pathway分析(KEGG分析) 结构变异 (1)可变剪接 (2)融合基因 (3)点突变 RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术...
第二步:识别两类样本中差异表达的基因,并绘制火山图。可以使用edgeR或者DESeq2进行基因表达差异分析,可视化的火山图如图所示。红色的点代表差异表达的基因,黑色的点代表未显著差异表达的基因。x轴代表基因的转录水平(CPM, counts per million),y轴代表两组样本的相对差异(logFC, log(fold ...
RNA seq RNAseq 主要介绍RNA的高通量测序 1、方法原理; 2、生物信息分析,表达差异、火山图展示、聚类分析、GO、Pathway、可变剪接、融合基因、点突变 应用:了解各种比较条件下所有基因的表达情况的差异 正常组织 vs. 肿瘤组织 药物治疗前后 不同发育阶段
那么,可想而至,绘制火山图,需要三列数据,即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以,火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。在RNAseq测序中,使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中,如下: