在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中的观察结果一致。 Endo_1和Fib_1均表达成纤维细胞活化蛋白(FAP),是肿瘤相关成...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中的观察结果一致。 Endo_1和Fib_1均表达成纤维细胞活化蛋白(FAP),是肿瘤相关成...
(B)火山图展示了3S-ASCVD犬肝脏中上调和下调的蛋白,载脂蛋白表达量有显著差异,APOE蛋白表达显著下调,证实了APOE基因的敲除。(C)3S-ASCVD犬与WT犬相比,腹主动脉、髂动脉、颈动脉和冠状动脉的代表性组织病理学图像显示狭窄区域。(D)Pearson相关性分析说明WT和3S-ASCVD犬中获得的AS-抗性动脉的基因表达谱相似。(E)...
DEG 的倍数变化通过火山图进行可视化(Fig.4A-D),通过GO富集分析进一步研究了这些显着变化的基因的功能,上调基因主要富集在细胞因子介导的信号通路、淋巴细胞分化、T 细胞活化的调节、白细胞细胞粘附、对病毒的防御反应、抗菌体液反应、rRNA 加工和对脂多糖的反应中,而下调基因主要集中在核糖体小亚基生物发生和细胞质...
从FerrDb数据库中获得与铁死亡相关的基因。与差异表达的基因集相交,然后进行合并,做火山图(图4D),获得与铁死亡或单核细胞浸润的基因集交集,做维恩图(图4E)。 构建模型,做临床意义预后分析,也就是“靠” 五、构建预后风险模型(靠、联) 对这些基因进行单变量Cox分析,筛选出单核细胞和铁死亡相关的基因(P<0.05),共...