在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中的观察结果一致。 Endo_1和Fib_1均表达成纤维细胞活化蛋白(FAP),是肿瘤相关成...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中的观察结果一致。 Endo_1和Fib_1均表达成纤维细胞活化蛋白(FAP),是肿瘤相关成...
从FerrDb数据库中获得与铁死亡相关的基因。与差异表达的基因集相交,然后进行合并,做火山图(图4D),获得与铁死亡或单核细胞浸润的基因集交集,做维恩图(图4E)。 构建模型,做临床意义预后分析,也就是“靠” 五、构建预后风险模型(靠、联) 对这些基因进行单变量Cox分析,筛选出单核细胞和铁死亡相关的基因(P<0.05),共...
单细胞的logFC不像普通测序那样大于1很多,但是p值小于0.05贼多,所以火山图参考一篇CNS 文章,只画了p值的分界线 degdf <- deg degdf$symbol <- rownames(deg) logFC_t=0 P.Value_t = 1e-28 degdf$change = ifelse(degdf$p_val_adj < P.Value_t & degdf$avg_log2FC < 0,"down", ...
导读火山图表示两组间的差异,而在scRNA-seq中,同时会有多个cluster(vs其他cluster)的差异。如果用常规火山图展示,可能需要绘制十几个图。有没有更高效的展示方法呢?今天给大家带来C… 阅读全文 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 百沐生物 已认证账号