在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中的观察结果一致。 Endo_1和Fib_1均表达成纤维细胞活化蛋白(FAP),是肿瘤相关成...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中...
而Endo_1中类基因下调,这表明Endo-1的固有抗原呈现功能有限。火山图显示肿瘤富集的Endo_1与其他内皮细胞类型的差异表达基因。对另外9例GC患者样本进行验证,结果表明,癌旁组织中MHC-II +内皮细胞的比例高于在肿瘤中,与scRNA序列数据中的观察结果一致。 Endo_1和Fib_1均表达成纤维细胞活化蛋白(FAP),是肿瘤相关成...
选择全部细胞亚群进行分组,会依次基于B细胞亚群,在PT和NT之间的差异,PT和M之间的差异,选择好需要的分组信息 选择展示哪一群就会高亮哪一群,可以使用火山图等展示差异基因 篇幅有限,点击此处查看原文
这些工具提供了多种可视化方式,包括散点图、热图、火山图等,可以方便地展示基因表达、细胞互作等信息。此外,这些工具还支持交互式操作,可以方便地对数据和结果进行筛选、排序等操作,以便更深入地挖掘数据中的信息。结论:ScRNA-seq技术为单细胞转录组研究提供了有力的支持,通过对数据的深入分析可以揭示细胞间的异质性和...
scRNA分析| 和SCI学 定制化聚类点图(Dotplot ),含二行代码出图方式 下面同样给出封装比较好的2个现有R包,都可以一个函数完成多种美化内容,自行选取一个即可。 四dittoSeq 绘制 使用dittoSeq 包中的dittoHeatmap函数,快速且简单的完成热图绘制以及多个meta信息的注释 ...
Name Last commit message Last commit date Latest commit junjunlab Update README.md Jan 18, 2025 0f69721·Jan 18, 2025 History 115 Commits R update Nov 16, 2024 data add jjVolcano Oct 7, 2022 inst Add markerVocalno function. Jun 29, 2022 ...