RNA-Seq分析中(一)——用R画带基因名标签的火山图 生信狗的修炼秘籍 华中农业大学 生物信息学硕士 来自专栏 · 转录组分析 13 人赞同了该文章火山图(volcano plot)常用于显著差异基因表达的展示,包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05,差异性常用...
我们的数据使用的是RNAseq表达谱计算出来的差异基因,差异基因的计算方法为limma。在RNAseq分析中,使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中,使用excel打开改文件,一共有7列数据:第一列Symbol为基因名;第二列logFC为实验组比上对照组的倍数差异,其中大于0为实验组...
背景火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理基于RNA-seq的…
在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
今天我们来学习Bulk RNA-seq数据常用的一种数据可视化形式:火山图Volcano plot!与上期的框架相似,本期主要分享以下3个方面: 一、火山图的常见呈现形式? 二、为什么要用火山图(使用热图的常见目的)? 三、如何基于R生成火山图? 一、火山图的常见呈现形式?
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
今天用到的RNA-seq数据是经{DESeq2}包处理后的,数据的格式是文本text,可直接导入到R中: mydata <- read.table("https://gist.githubusercontent.com/stephenturner/806e31fce55a8b7175af/raw/9479acb809fae09aa50ea7df54a1199b3f1ffa11/results.txt", header ...
一、差异分析结果 DESeq2、edgeR以及limma是RNA-seq进行差异分析的三个常用R包。三个R包的差异分析结果有所不同，但是总体具有类似的结构。下面我将以R语言数据集airway进行随意分组之后，使用limma进行差异分析之后得到的结果为例，解析差异分析结果。limma的差异分析结果主要包含如下信息：ENSEMBL ID，ENSEMBL数据库基因...
在 RNA-Seq 的数据表格中拎出这两组参数(另外,请把 genename 也一道拎出来,后续有用) 1. 作图前的数据预处理 在做火山图前,需要将所获得的基因表达的表格中对应的 P 值及差倍变化(FC,fold change)换算成”-log10P” 和“log2FC”。 然后将基因名(symbol 或 GeneName)、 log2FC、-log10P 这三列...