二、火山图绘制 1. 数据准备(IL-1B_1_IL-1B_2_vs_Cu5_1_Cu5_2.all.xls) 第一列为基因ID,倒数第二列列为FDR,最后一列列为log2FC。 2. 我们使用R语言来绘制火山图,代码如下: # 安装ggpubr和ggthemes包 #install.packages("ggpubr") #install.packages("ggthemes") # 加载ggpubr和ggthemes包...
背景 火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transc...
为此,我在CellPress官网中对近5年基于RNA-seq的火山图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,(还在Nature Communication中筛选了一篇文章),最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用火山图(使用火山图的常见目的)? 我们可以试想一下,我们在处理Bulk RNA-seq数据的时候,面对的是一个“样本-基因”矩阵,如下图: “样本-...
题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:deseq2差异分析得到的数据...
如上,只要包含包含基因名、差异倍数、P值三部分信息的差异结果就可以用于绘制火山图。 安装、加载包 # BiocManager::install('EnhancedVolcano')library(EnhancedVolcano) 基本绘制 如下代码,需要分别交代基因名;x轴为差异倍数;y轴为P值 EnhancedVolcano(res,
更多内容请参考:除了火山图,差异表达基因还可以这样展示 3热图绘制 做RNAseq,蛋白组学等,当我们需要展示许多基因的表达谱变化时,可以绘制热图,可以绘制两组,多组,特定功能基因群热图,多个比较组差异倍数变化等热图的绘制,也可以选择性的展示特定基因。 4GO/PAthway常用展示图绘制 ...
如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 9420播放 通路调控网络～富集分析后如何快速筛选出核心通路 ...
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转录组测序(RNA-seq)分析 DLab实验室 RNA-seq分析之如何用R中的ggplot可视化基因表达数据火山图 小云爱生信 10400 单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理 Timo的生信笔记 61730 03:22 11. Kaplan–Meier 生存分析 生信幻想家 1.1万1 10:34 kegg通路分析 ...
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析...