一、火山图的常见呈现形式? 虽然在文章中陆续看到过很多次火山图,但是如果真的要回答“火山图”有哪些常见的呈现形式,还真没那么简单。为此,我在CellPress官网中对近5年基于RNA-seq的火山图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,(还在Nature Communication中筛选了一篇文章),最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用火山...
其中DESeq2可能是使用最多的,很多权威机构的分析流程都用的DESeq2,比如NASA: NASA GeneLab RNA-seq consensus pipeline: standardized processing of short-read RNA-seq data. iScience. 2021 Mar 26; PMID: 33870146. DESeq2通过对基因计数数据进行负二项分布建模,结合比值中位数法(median of ratios)和经验贝...
火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调基因(P<0.05, Fold change >=2),蓝色表示下调基因,灰色表...
火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调基因(P<0.05, Fold change >=2),蓝色表示下调基因,灰色表...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
一、GO富集图的常见呈现形式? 与往期类似,我进入CellPress官网,在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的GO富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用GO富集图(使用GO富集图的常见目的)? 我们在处理Bulk RNA-seq数据的时候,很多情况下,通过组间比较得到的差异基因是很多的(可能多达...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
Bulk RNA-sequencing pipeline流程(含代码) 对于Bulk RNA-seq测序(用于比较转录组学,如不同物种的同种组织样本,也就是我们常说的常规转录组测序,注意和单细胞测序区分),我们常用的分析流程有很多,之前的文章也有介绍。偶然在github上发现一个总结的很完整的分析流程和大家分享。
图2 BulkRNA-seq数据的差异基因表达分析。(A)UTI组和对照组之间差异基因表达的火山图;(B)GO terms的抑制基因的基因集富集分析;(C)富集terms与相关基因的网络可视化;(D)树状图显示使用Jaccard的相似性指数对富集terms的层次聚类;(E...