一、火山图的常见呈现形式? 虽然在文章中陆续看到过很多次火山图,但是如果真的要回答“火山图”有哪些常见的呈现形式,还真没那么简单。为此,我在CellPress官网中对近5年基于RNA-seq的火山图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,(还在Nature Communication中筛选了一篇文章),最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用火山...
一、GO富集图的常见呈现形式? 与往期类似,我进入CellPress官网,在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的GO富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用GO富集图(使用GO富集图的常见目的)? 我们在处理Bulk RNA-seq数据的时候,很多情况下,通过组间比较得到的差异基因是很多的(可能多达...
火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调基因(P<0.05, Fold change >=2),蓝色表示下调基因,灰色表...
火山图(Volcano Plot)RNA-seq等分析时常用的一种图,它能够清晰地展示显著上调和下调的基因,因作出来的图形如火山喷发,故而得名。 例如图中,X轴一般表示log2的倍数变化,Y轴一般表示-log10(p-value),不同颜色的点表示满足不同条件的基因,红色表示上调基因(P<0.05, Fold change >=2),蓝色表示下调基因,灰色表...
382 -- 2:10 App 单细胞RNA-seq分析方法【四】筛选高可变基因 383 -- 5:33 App 单细胞RNA-seq分析方法【二】质量控制 435 -- 2:31 App 单细胞RNA-seq分析方法【六】无监督聚类和可视化 317 -- 2:17 App 单细胞RNA-seq分析方法【十】发育轨迹分析 1498 1 11:31 App 基因表达差异火山图的绘制...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
火山图（Volcano Plot）RNA-seq等分析时常用的一种图，它能够清晰地展示显著上调和下调的基因，因作出来的图形如火山喷发，故而得名。例如图中，X轴一般表示log2的倍数变化，Y轴一般表示-log10(p-value)，不同颜色的点表示满足不同条件的基因，红色表示上调基因（P<0.05, Fold change >=2），...
之前转录组数据分布规律的失败探索中的例子(GSE164425,统计Raw Count与CPM数据分布)可见bulk RNA-seq的原始定量数据并不符合正态分布。 因此直接使用t检验并不可取。目前大多数差异分析用的是limma、edgeR、DESeq2这三个包。 limma、edgeR、DESeq2包都建议使用Counts作为输入,也就是原始计数矩阵作为输入进行分析,最好...
Bulk RNA-sequencing pipeline流程(含代码) 对于Bulk RNA-seq测序(用于比较转录组学,如不同物种的同种组织样本,也就是我们常说的常规转录组测序,注意和单细胞测序区分),我们常用的分析流程有很多,之前的文章也有介绍。偶然在github上发现一个总结的很完整的分析流程和大家分享。
流程图: 研究结果: 一、关键调控基因的鉴定 根据RNA-seq数据集的主成分分析结果,SCI组(3 dpi和7 dpi)的22个样本特征与假手术组(图2A)有明显区别。热图和火山图表明这些样品中存在1387个DEGS,包括947个上调基因和440个下调基因(图2B,C)。 2. GSE5296和GSE47681中的22个样本均满足条件,进行WGCNA分析(图3A)。