1、差异分析结果文件: image 注:文件夹里会生成2个结果文件,一个是所有基因的差异分析结果,一个是按FDR<0.05 & FC 2倍以上筛选的显著差异基因文件。 1、差异分析散点图 image 2、差异分析火山图 image 怎么样,是不是突然觉得原来数据分析可以这么简单!!! 今天的分享就到此吧,下次继续。
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
那么，可想而至，绘制火山图，需要三列数据，即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以，火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。在RNAseq测序中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，如下：
生信富集分析,GO(BP,MF,CC),KEGG,功能富集分析的基因功能数据库及软件,生物信息 9.3万播放 如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 ...
#rnaseq 可视化 孟b站 R绘图 ### #content #1. volcano plot #2. heatmap plot #3. cytogram plot #4. plot with layout ### rm(list = ls()) ### #part one #1.input table cuffdiff ###
RNA-seq分析之如何用R中的ggplot可视化基因表达数据火山图 小云爱生信 10480 利用在线平台进行KEGG和GO富集分析 奇奇怪怪大哈哈 微生信平台在线GO、Pathway富集分析操作及结果说明 微生信课堂 09:01 生信教学:limma差异分析标准化箱式图热图标记火山图 春秋至-生信碱移 ...
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 复制 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+geom_...
DESeq2能够自动识别这些低表达量的基因的,所以使用DESeq2时无需手动过滤。 edgeR推荐根据CPM(count-per-million)值进行过滤,即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000,使用此类计算方式时,如果不同样品之间存在某些基因的表达值极高或者极低,由于它们对细胞中分子总数的影响较大(也就是公式中的分母较大), 有...