RNA-Seq分析中(一)——用R画带基因名标签的火山图 生信狗的修炼秘籍 华中农业大学 生物信息学硕士 13 人赞同了该文章 火山图(volcano plot)常用于显著差异基因表达的展示,包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05,差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。
1、差异分析结果文件: image 注:文件夹里会生成2个结果文件,一个是所有基因的差异分析结果,一个是按FDR<0.05 & FC 2倍以上筛选的显著差异基因文件。 1、差异分析散点图 image 2、差异分析火山图 image 怎么样,是不是突然觉得原来数据分析可以这么简单!!! 今天的分享就到此吧,下次继续。
生信富集分析,GO(BP,MF,CC),KEGG,功能富集分析的基因功能数据库及软件,生物信息 9.3万播放 如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4919播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8923播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 ...
这个文章跟着之前的文章完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)用了之前分析的 cuffdiff 的结果,参考视频https://www.bilibili.com/video/BV1gW411Y7Qf 文中用到的hic的数据由于是别人的东西,就不方便放出来,可以看一下孟叔视频,加群后可以在群文件下载 ### #rnaseq 可视化 孟b站 R绘图 ###...
RNA-seq分析之如何用R中的ggplot可视化基因表达数据火山图 小云爱生信 9720 03:29 10. GO和KEGG富集分析 生信幻想家 3.1万2 40:22 RNA-Seq数据分析培训 LinglingZheng 9591 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 5.8万76 26:22 RNA-seq全流程分析系列--RNA-seq原理详解 ...
那么,可想而至,绘制火山图,需要三列数据,即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以,火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。在RNAseq测序中,使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中,如下:
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 复制 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+geom_...
生信富集分析,GO(BP,MF,CC),KEGG,功能富集分析的基因功能数据库及软件,生物信息 9.3万播放 如何在Rna-Seq转录组数据Kegg通路中找到感兴趣的基因 4723播放 KEGG通路图:基因logFC通路图标记自定义颜色简单实现(R语言) 8785播放 保姆级教程《手把手教你KEGG富集分析实操教学,信号通路不再苦恼》 ...
DESeq2能够自动识别这些低表达量的基因的,所以使用DESeq2时无需手动过滤。 edgeR推荐根据CPM(count-per-million)值进行过滤,即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000,使用此类计算方式时,如果不同样品之间存在某些基因的表达值极高或者极低,由于它们对细胞中分子总数的影响较大(也就是公式中的分母较大), 有...