一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢?首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因...
RNA-seq转录组数据分析入门实战 思考问题的熊 20.6万 469 10:49 9.2 GO,KEGG富集分析数据可视化气泡图(微生信) 药学生阿程 14.9万 122 07:28 GO BP,CC,MF,KEGG pathway富集结果上调和下调放一起的点线图 微生信课堂 1.1万 0 01:28 【“易”分钟系列】快速看懂结题报告分析图:KEGG富集气泡图-...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
1、差异分析结果文件: image 注:文件夹里会生成2个结果文件,一个是所有基因的差异分析结果,一个是按FDR<0.05 & FC 2倍以上筛选的显著差异基因文件。 1、差异分析散点图 image 2、差异分析火山图 image 怎么样,是不是突然觉得原来数据分析可以这么简单!!! 今天的分享就到此吧,下次继续。
#rnaseq 可视化 孟b站 R绘图 ### #content #1. volcano plot #2. heatmap plot #3. cytogram plot #4. plot with layout ### rm(list = ls()) ### #part one #1.input table cuffdiff ###
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 复制 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+geom_...
KEGG之代谢通路分析 博莱克代谢组学 2.5万2 18:26 RNA-seq原理介绍 beryyyyyyy 4.1万262 14:58 代谢物通路富集分析(KEGG) mu蝴蝶 10:49 9.2 GO,KEGG富集分析数据可视化气泡图(微生信) 药学生阿程 04:11 【简介区免费领课】【生信分析-15】GO+KEGG结果怎么看?图片怎么摆?
单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理 Timo的生信笔记 6116 0 04:54 KEGG之代谢通路分析 博莱克代谢组学 2.2万 2 01:17 RNA-seq数据分析:从差异基因到关键基因的进一步筛选 贝纳基因 713 0 14:12 火山图、热图怎么做?教你5分钟速成差异基因分析 善木科研 1.4万 0 1:51:09 RNA-Seq入门 生信...
DESeq2能够自动识别这些低表达量的基因的,所以使用DESeq2时无需手动过滤。 edgeR推荐根据CPM(count-per-million)值进行过滤,即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000,使用此类计算方式时,如果不同样品之间存在某些基因的表达值极高或者极低,由于它们对细胞中分子总数的影响较大(也就是公式中的分母较大), 有...