一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢?首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因...
题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:deseq2差异分析得到的数据...
为此,我在CellPress官网中对近5年基于RNA-seq的火山图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,(还在Nature Communication中筛选了一篇文章),最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用火山图(使用火山图的常见目的)? 我们可以试想一下,我们在处理Bulk RNA-seq数据的时候,面对的是一个“样本-基因”矩阵,如下图: “样本-...
背景 火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transc...
第五堂课:差异分析+火山图 至-山水有相逢 7156 0 03:29 10. GO和KEGG富集分析 生信幻想家 3.6万 2 04:54 KEGG之代谢通路分析 博莱克代谢组学 2.4万 2 01:17 RNA-seq数据分析:从差异基因到关键基因的进一步筛选 贝纳基因 1680 0 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 6.3万 81 ...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
如上,只要包含包含基因名、差异倍数、P值三部分信息的差异结果就可以用于绘制火山图。 安装、加载包 # BiocManager::install('EnhancedVolcano')library(EnhancedVolcano) 基本绘制 如下代码,需要分别交代基因名;x轴为差异倍数;y轴为P值 EnhancedVolcano(res,
没关系~七张图教会你用GraphPad画火山图[哇R]数据预处理将RNAseq数据中的geneID、logFold change、Padj/FDR复制到新的表格中点击“排列和筛选”中“筛选”,第一行的每个单元格会出现小箭头分别点击小箭头进行筛选:UP:FDR<0.05,logFC>1;DOWN:FDR<0.05,logFC<-1;No difference:不属于UP和DOWN的其他数据[哇R]...
RNA-seq原理介绍 beryyyyyyy 4.1万262 14:58 代谢物通路富集分析(KEGG) mu蝴蝶 10:49 9.2 GO,KEGG富集分析数据可视化气泡图(微生信) 药学生阿程 04:11 【简介区免费领课】【生信分析-15】GO+KEGG结果怎么看?图片怎么摆? 恶霸小猴子 07:29 生信交流平台 ...
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 复制 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+geom_...