RNA-Seq分析中(一)——用R画带基因名标签的火山图 生信狗的修炼秘籍 华中农业大学 生物信息学硕士 来自专栏 · 转录组分析 13 人赞同了该文章火山图(volcano plot)常用于显著差异基因表达的展示,包含显著和差异两个重要信息。显著性指P值小于0.05,差异性常用FoldChange值>=2作为筛选标准。 一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所
背景火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理基于RNA-seq的…
为此,我在CellPress官网中对近5年基于RNA-seq的火山图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,(还在Nature Communication中筛选了一篇文章),最后汇总出下面一张图: 二、为什么要用火山图(使用火山图的常见目的)? 我们可以试想一下,我们在处理Bulk RNA-seq数据的时候,面对的是一个“样本-基因”矩阵,如下图: “样本-...
在RNA-seq项目中,每个椭圆表示一个比较组合(处理组 vs对照组)中的差异基因,椭圆重叠区域的数字表示对应的多个比较组合之间的共有差异基因个数,未重叠区域表示各比较组合特有的差异基因。可以通过与韦恩图对应的表格,可以看到比较组合共有和特有的基因信息。 聚类热图 热图以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
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RNA-Seq数据分析培训 LinglingZheng 1701 1 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 7.1万 83 07:29 四种GO富集柱形图、气泡图解读 生信交流平台 9.3万 106 13:05 GO\KEGG富集分析及结果解读 生信大碗 1.3万 1 12:04 RNA-seq详细步骤及原理|高通量测序每一步到底做了啥? 迪普测评 3.4万 14 17...
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 代码运行次数:0 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)...
题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:deseq2差异分析得到的数据...
如上,只要包含包含基因名、差异倍数、P值三部分信息的差异结果就可以用于绘制火山图。 安装、加载包 # BiocManager::install('EnhancedVolcano')library(EnhancedVolcano) 基本绘制 如下代码,需要分别交代基因名;x轴为差异倍数;y轴为P值 EnhancedVolcano(res,