1、差异分析结果文件: image 注:文件夹里会生成2个结果文件,一个是所有基因的差异分析结果,一个是按FDR<0.05 & FC 2倍以上筛选的显著差异基因文件。 1、差异分析散点图 image 2、差异分析火山图 image 怎么样,是不是突然觉得原来数据分析可以这么简单!!! 今天的分享就到此吧,下次继续。
limma包可以说是处理RNA-seq数据上的“老大”了,功能强大自然无需多说。因此也很容易得知,limma包中同样提供了多种差异基因分析的方法,其中最常用的就是voom方法(请允许我这么称呼它) 我们仍可以基于上文前几步获得的预处理结果(DGEList对象、标准化数据、估算的离散值等),继续使用limma包voom方法来完成后续的差异...
ggpubr包做火山图https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/reference/diff_express.html#examples 找到了一些使用R语言分析新型冠状病毒数据的例子 https://www.statsandr.com/blog/top-r-resources-on-covid-19-coronavirus/ Top 100 R resources on Novel COVID-19 Coronavirus 这个链接收集了很多使用R语言分析新型...