一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢?首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因...
一个有用的方法就是火山图,对于火山图而言,最为重要的两个参数就是log2 (fold change)和-log10 (adjusted P value),它们分别是火山图的横纵坐标(详细的说明,大家可以去B站“开心doctor”在2022年03月11日发布的一个视频“组学数据处理之火山图”。 结合第一部分汇总的火山图常见形式,我们基本可以推测出火山图...
定义log2oldchange>1的为上调基因,log2oldchange<-1的为下调基因。 对筛选得到的基因做火山图。脚本如下: library(ggplot2)library(ggrepel)#用于标记的包library(pheatmap)library(export)# 读取火山图数据文件setwd("E:/造血干/ccx/差异分析")#打开全部未筛选差异基因data<-read.csv("h9_d2DEG.csv",header=...
背景 火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transc...
结合第一部分汇总的火山图常见形式,我们基本可以推测出火山图常见的几个目的了: 1. 呈现组间差异基因的数量(包括上调和下调) 2.呈现组间关键的差异基因(不一定是最显著的,可以人为设置) 同时可以我们观察到:由于火山图的横纵坐标是确定的,所以其外观基本就确定了,但是仍然有勇于钻研的大神在“美化”方面做了改进...
通过柱状图,可以直观地看到组内组间上调和下调的差异基因数量,火山图则将统计显著性数值-log10(FDR/Pvalue)和差异倍数log2FC相结合,辅助识别变化幅度较大且具有统计学意义的差异基因。 2 火山图 针对差异分析结果表,还可以结合自己的背景需求,进一步重新绘制更加个性化、美观的火山图,如自由更改配色,修改散点大小、...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
如上,只要包含包含基因名、差异倍数、P值三部分信息的差异结果就可以用于绘制火山图。 安装、加载包 # BiocManager::install('EnhancedVolcano')library(EnhancedVolcano) 基本绘制 如下代码,需要分别交代基因名;x轴为差异倍数;y轴为P值 EnhancedVolcano(res,
差异表达的mRNA基因火山图。差异表达的mRNA基因分层聚类分析。qPCR结果显示LW猪中上调的mRNA表达。qPCR结果显示LW猪中下调的mRNA表达。通过GO分析富集的前30个差异表达基因通路。通过KEGG预测富集的前30个差异表达基因通路。* p < 0.05,** p < 0.01。