2. 我们使用R语言来绘制火山图,代码如下: # 安装ggpubr和ggthemes包#install.packages("ggpubr") #install.packages("ggthemes") # 加载ggpubr和ggthemes包 library(ggpubr) library(ggthemes) # 读取数据 deg.data <- read.table("IL-1B_1_IL-1B_2
背景火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理基于RNA-seq的…
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析...
一个有用的方法就是火山图,对于火山图而言,最为重要的两个参数就是log2 (fold change)和-log10 (adjusted P value),它们分别是火山图的横纵坐标(详细的说明,大家可以去B站“开心doctor”在2022年03月11日发布的一个视频“组学数据处理之火山图”。 结合第一部分汇总的火山图常见形式,我们基本可以推测出火山图...
火山图（volcano plot）在RNA-Seq分析中，是用于直观展示显著差异基因表达的关键工具。其设计巧妙地结合了基因表达的差异倍数（FoldChange）与统计学显著性（P值）两个重要指标，使研究者能快速识别出那些在实验条件下表达水平显著改变的基因。火山图的横坐标通常采用对数转换的差异倍数（log2[FoldChange]）...
要生成火山图,我们首先需要在结果数据中有一列,表明该基因是否被认为是基于 p 调整值的差异表达,我们将在此处包括 log2fold 变化。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## Obtain logical vector whereTRUEvalues denote padj values<0.05and fold change>1.5ineither direction ...
火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对...
之后就是做差异基因表达专属的火山图了。这里先把p值转换为负对数形式,再用ggplot就可以画出一幅很基本的图。 #转换p值为-lg坐标 diff$P.Value<-log(diff$P.Value, 0.1) #ggplot ggplot(diff, aes(logFC, P.Value))+geom_point(size=2.5)+ #使用点图 ...