2. 我们使用R语言来绘制火山图,代码如下: # 安装ggpubr和ggthemes包 #install.packages("ggpubr") #install.packages("ggthemes") # 加载ggpubr和ggthemes包 library(ggpubr) library(ggthemes) # 读取数据 deg.data <- read.table("IL-1B_1_IL-1B_2_vs_Cu5_1_Cu5_2.all.xls",header=TRUE,...
题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:deseq2差异分析得到的数据...
三、如何基于R生成火山图? 一、火山图的常见呈现形式? 虽然在文章中陆续看到过很多次火山图,但是如果真的要回答“火山图”有哪些常见的呈现形式,还真没那么简单。为此,我在CellPress官网中对近5年基于RNA-seq的火山图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,(还在Nature Communication中筛选了一篇文章),最后汇总出下面一...
RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样...
火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transcriptome...
1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调...
没关系~七张图教会你用GraphPad画火山图[哇R]数据预处理将RNAseq数据中的geneID、logFold change、Padj/FDR复制到新的表格中点击“排列和筛选”中“筛选”,第一行的每个单元格会出现小箭头分别点击小箭头进行筛选:UP:FDR<0.05,logFC>1;DOWN:FDR<0.05,logFC<-1;No difference:不属于UP和DOWN的其他数据[哇R]...
今天我们来学习Bulk RNA-seq数据常用的一种数据可视化形式:火山图Volcano plot!与上期的框架相似,本期主要分享以下3个方面: 一、火山图的常见呈现形式? 二、为什么要用火山图(使用热图的常见目的)? 三、如何基于R生成火山图? 一、火山图的常见呈现形式?
火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调基因...