一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢?首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因...
基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transcriptome analysis and gene expression quantification: an RNA-seq tutorial.Mol Ecol Resour. 2013;13(4):559-572. 正文 1.数据准备 1)测序返回原始结果(.fastq文件),或者从NCBI,TCGA等数据库...
[哇R]火山图雏形上一步点击完ok后会出现“Transform of Data1”新建Graph选择表格为“Transform of Data1”,图形类型为散点图,可以得到初步的火山图[哇R]修改坐标轴类型Format Origin界面修改坐标轴:Axes and Colors中修改坐标轴宽度为1/2pt;Frame and Grid Line中将坐标轴类型修改为Plain Frame修改X、Y轴:双击...
Anny301创建的收藏夹基因分析作图内容:RNA-seq 生物信息学 热图 火山图 KEGG富集分析,如果您对当前收藏夹内容感兴趣点击“收藏”可转入个人收藏夹方便浏览
题目:DEseq2差异分析得到的差异基因做火山图。 目的:火山图可反映总体基因的表达情况,通过不同的颜色醒目的展示差异基因的情况。 内容:1. 对DEseq2分析得到的差异基因进行筛选。 2.筛选的得到的基因定义上下调基因。 3. 用ggplot包绘图。 数据:DEseq2差异分析得到的差异基因列表。(如下:deseq2差异分析得到的数据...
同时可以我们观察到:由于火山图的横纵坐标是确定的,所以其外观基本就确定了,但是仍然有勇于钻研的大神在“美化”方面做了改进,主要是配色方面,如颜色的选择以及设置渐变色。 三、如何基于R生成热图? 下面将以“呈现组间关键的差异基因”为目的,展示基于R的实战过程。(想获得练习数据,可在公众号输入:Bulk RNA-seq练...
如上,只要包含包含基因名、差异倍数、P值三部分信息的差异结果就可以用于绘制火山图。 安装、加载包 # BiocManager::install('EnhancedVolcano')library(EnhancedVolcano) 基本绘制 如下代码,需要分别交代基因名;x轴为差异倍数;y轴为P值 EnhancedVolcano(res,
1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调...
要绘制火山图，首先需要准备合适的数据集，一般包括实验组与对照组的基因表达数据。以“IL-1B_1_IL-1B_2_vs_Cu5_1_Cu5_2.all.xls”作为示例文件，该数据文件应包含每对样本中基因的表达量信息。接着，使用R语言进行数据分析与绘图。具体步骤包括数据导入、差异表达分析、火山图绘制等。火山图绘制...