基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transcriptome analysis and gene expression quantification: an RNA-seq tutorial.Mol Ecol Resour. 2013;13(4):559-572. 正文 1.数据准备 1)测序返回原始结果(.fastq文件),或者从NCBI,TCGA等数据库...
一、火山图简介 那么如何看懂一张火山图所包含的信息呢?首先需要知道,火山图的横坐标通常用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。由于P值越小表示越显著,所以我们进行-log10(P value)转化后,转化值越大表示差异越显著。通常差异倍数越大的基因...
定义log2oldchange>1的为上调基因,log2oldchange<-1的为下调基因。 对筛选得到的基因做火山图。脚本如下: library(ggplot2)library(ggrepel)#用于标记的包library(pheatmap)library(export)# 读取火山图数据文件setwd("E:/造血干/ccx/差异分析")#打开全部未筛选差异基因data<-read.csv("h9_d2DEG.csv",header=...
1、确保已经安装了R或RStudio,如果没有安装R包edgeR和ggplot2,可以先安装一下。这里使用edgeR包进行RNAseq的差异分析。 安装R包代码: if(!requireNamespace("BiocManager"))install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c('edgeR'))install.packages("ggplot2") 下载代码edgeR.R library(edgeR) library(ggp...
同时可以我们观察到:由于火山图的横纵坐标是确定的,所以其外观基本就确定了,但是仍然有勇于钻研的大神在“美化”方面做了改进,主要是配色方面,如颜色的选择以及设置渐变色。 三、如何基于R生成热图? 下面将以“呈现组间关键的差异基因”为目的,展示基于R的实战过程。(想获得练习数据,可在公众号输入:Bulk RNA-seq练...
火山图、热图怎么做?教你5分钟速成差异基因分析 善木科研 48:06 KEGG通路分析 有编制的弼马温 6.1万79 01:28 【“易”分钟系列】快速看懂结题报告分析图:KEGG富集气泡图-欧易生物 上海欧易生物 1.5万0 1:51:09 RNA-Seq入门 生信撰 1.9万70 贝纳基因 ...
RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验p值的负对数-log10(padj)为纵坐标。 图示解释: 红色点表示TS样本相对于对照样本CK表达量上调的基因,绿色点表示下调基因。
那么，可想而至，绘制火山图，需要三列数据，即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以，火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。在RNAseq测序中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，如下：
A: 火山图 B: 韦恩图 C: 密度散点图 D:热图 E:GO分析 F: GO 分析 BiNGO RNA-seq的一般流程是这样的 RNA-seq 流程图,图源网络,侵删 mRNA-seq 测序的最原始结果是核苷酸序列,文件大小在4-10GB之间,分析起来相当的繁琐,分析也不是一般的小本本能跑起来的,好在一般来说,我们从测序公司拿到的数据,已经是...
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 复制 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+geom_...