在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指...
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分...
代谢途径可视化分析 8.RNA-seq结果图片如何解读? 测序项目完成,我们会获得大量的数据,包括有很多图片在内。当然,对于熟悉生物信息分析的大神而言,这些图片太easy。但是,在科研岗位上,还有很多生信小白。。。所以我们还是来讲一下如何解读这些结果图片。 9.RNA-Seq分析详细过程 9.1 RNA-Seq分析(1) 本文将要介绍的是...
我们拿到差异基因,会对差异基因进行GO、Pathway富集分析,以了解基因参与的生物学过程及涉及到的通路。在写文章的时候,要放上GO、Pathway通路的图片,来说明,该实验处理显著的影响了重要的一些生物学过程(细胞周期、凋亡、糖脂氨基酸代谢等),重要的信号通路(Jak-STAT、p53、MAPK、PI3K-Akt、Wnt等)。那如何来放图呢?
RNASeq实战练习-转录组基本图片绘制 图说转录组——啥也别说,你要的都在图里了 下文载入数据仅为测试画图用,没有研究意义 生物学重复平行性检验 样本相关性分析 使用corrplot包可视化相关性矩阵 定量得到的 countdata.csv 作为输入数据 image-20210902142514973 ...
# 为了快速画图,我们尝试直接把图片生成 png(file="../Desktop/test_hic.png",width = 2000,height = 2000) plot(x=c(0:x_size),y=c(0:y_size),type="n",xlab = "",ylab = "",axes = F,frame.plot = F) rect(xleft = my_xleft ,ybottom = my_ybottom ,xright = my_xright,ytop ...
(deg.data$Label) # 改变MA图点的颜色和坐标轴标注,使图片更美观 ggscatter(deg.data, x = "log10fpkm", y = "log2FC", color = "Group", palette = c("#00BA38", "#BBBBBB", "#F8766D"), size = 2, label = deg.data$Label, font.label = 8, repel = T, xlab = "log10(fpkm)...
下图是转换前后的图片。 同上方法,处理一下RPM的数据。###boxplot可视化数据检查boxplot(b,las=2,cex.axis=0.6,main='data check')###转换ex1<- log2(b+1)boxplot(ex1,las=2,cex.axis=0.6,main='data check') 二,提取数据##提取数据。因为之前讲过,我们只看肿瘤周围的肝细胞跟正常肝周细胞对比。所以...
ggsave(p,filename = "gene.pathway.pdf"),width = 8,height = 7) #保存图片 9. 差异表达基因火山图 通过ggplot2软件绘制基因差异表达火山图,使用DESeq2软件生成的matrix.counts.matrix.PR_vs_SR.DESeq2.DE_results为输入文件,该文件内geneid、sampleA、sampleB、baseMeanA、baseMeanB、baseMean、log2FoldCha...
1.离散性和非负性：RNA-Seq生成的读数是非负的整数计数，这与负二项分布的性质相符合。2.过度离散（Overdispersion）：在生物学样本中，基因表达水平通常具有变异性，这种变异性往往超过了泊松分布所假设的均值和方差相等的程度。负二项分布相比泊松分布，可以通过一个额外的参数来建模这种过度离散，即允许...