在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指...
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析...
代谢途径可视化分析 8.RNA-seq结果图片如何解读? 测序项目完成,我们会获得大量的数据,包括有很多图片在内。当然,对于熟悉生物信息分析的大神而言,这些图片太easy。但是,在科研岗位上,还有很多生信小白。。。所以我们还是来讲一下如何解读这些结果图片。 9.RNA-Seq分析详细过程 9.1 RNA-Seq分析(1) 本文将要介绍的是...
我们拿到差异基因,会对差异基因进行GO、Pathway富集分析,以了解基因参与的生物学过程及涉及到的通路。在写文章的时候,要放上GO、Pathway通路的图片,来说明,该实验处理显著的影响了重要的一些生物学过程(细胞周期、凋亡、糖脂氨基酸代谢等),重要的信号通路(Jak-STAT、p53、MAPK、PI3K-Akt、Wnt等)。那如何来放图呢?
上一期的RNA-seq结果怎么才能看懂?答案全在这些图里---(1)测序质量篇,(点这里查看这一期微信),我们介绍了评估RNA测序质量的一些常见图示。本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主...
image 注意:对于具有大量样本或细胞的数据集,通常只绘制每个样本/细胞的 PC1 和 PC2 分数,并进行可视化。由于这些 PC 解释了数据集中的最大变化,因此期望彼此更相似的样本/细胞将与 PC1 和 PC2 聚集在一起。请参阅下面的真实示例: image 图片来源:
# 为了快速画图,我们尝试直接把图片生成 png(file="../Desktop/test_hic.png",width = 2000,height = 2000) plot(x=c(0:x_size),y=c(0:y_size),type="n",xlab = "",ylab = "",axes = F,frame.plot = F) rect(xleft = my_xleft ,ybottom = my_ybottom ,xright = my_xright,ytop ...
Mandelboum S, Manber Z, Elroy-Stein O, et al. Recurrent functional misinterpretation of RNA-seq data caused by sample-specific gene length bias[J]. PLoS biology, 2019, 17(11): e3000481-e3000481. 图片来源:均来自于参考文献,如有侵权请联系删除。
(c)代谢标记方法标记RNA的方法类似于Run-on方法,但前者使用的是核苷酸类似物4 sU。提取RNA后,烷基化4 sU,在逆转录过重中,就会产生G核苷酸的错配,从而通过在碱基对级分辨率的突变分析中直接确定4 sU的整合位点。制备3'末端RNA文库会通过降低未标记的RNA数量来增加测序过程中的信号强度。图片参考文献为214。
图1.2 理想的RNA简易电泳图(上图较好的RNA电泳图片。为节省实验时间,采用的是比较省时的琼脂糖凝胶电泳,电泳液为TAE缓冲液。胶浓度为1.2%,电压180v,时间22min),下图则为发生严重降解的。 下图1.3所示,为一个安捷伦生物分析仪对某样品做的电泳图谱。