RNA测序（RNA-seq）是转录组学研究的重要工具，也是生命科学领域最常用的技术之一。相比于传统通路研究低维度、低通量的局限性，转录组学有以下优势：1）能够动态考察细胞基因组的表达，多维度地反映差异变化；2）可用于研究占RNA绝大部分的非编码RNA，研究其结构以及在细胞生命活动中的重要调控作用；3）与蛋白组学研...
RNAseq 简介 RNA测序(RNA-seq)在过去十年里逐渐成为全转录组水平分析表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具,应用于如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome),RNA结构组(structurome), RNA-RNA/RNA-Protein的相互作用、空间转录组学(spatialomics)等多种RNA层面的研究(R. Stark, Grzelak, and Hadfield 2019)。 其...
所谓有参 RNAseq,主要是指有参考序列的 RNAseq 分析,如图所示,对于有参RNAseq 不需要对转录本进行拼接,而是将测序数据与参考基因组序列进行短序列比对,所有分析内容基于比对结果进行计算,包括差异表达基因筛选,可变剪切,预测新转录本等分析。 RNAseq denovo 分析中, 需要先进行拼接,拼接出一个基因集,然后将这个基因...
RNAseq简介 转录组是连接遗传信息与生物功能的桥梁,在广义上指在相同生理条件下的一个或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括编码RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合[1]。转录组测序分析(RNA-seq)通过提取所要研究的mRNA,将其反转录成cDNA文库,在DNA小片段两端加上接头,利用高通量测序技术统计相关小片段...
通常,RNA-seq 用于由细胞混合物组成的样本,称为批量 RNA-seq,并且具有许多应用。例如,它可用于表征健康/患病、野生型/突变体或对照/处理样品中组织之间的表达特征。或者在进化研究中,使用不同物种组织样本的比较转录组学。除了用于转录本定量之外,它还可以用于在模型和非模型生物体中查找和注释新基因、基因亚型和其...
RNAseq简介 转录组测序分析（RNA-seq）通过提取并反转录特定mRNA，使用高通量测序统计相关小片段，以计算不同mRNA的表达量。此方法能精确识别可变剪切位点及编码序列单核苷酸多态性，为研究某一物种特定组织或器官的转录本序列提供了全面信息。RNA-seq在基础研究、临床诊断和药物研发中广泛应用。RNAseq分析...
StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介 前言——主要内容 这篇笔记是StatQuest系列笔记的第58节,主要内容是讲RNA-seq的原理。StatQuest系列教程的58到62节是协录组测序的内容。 RNA-seq研究的是什么 我们先来看一个案例,在下面的这个案例中,蓝色的细胞是一群正常的神经细胞,红色的细胞是一群突变的神经细胞。其中.....
《RNA-seq 数据分析实用方法》是科学出版社出版的图书，作者是[芬]E.科佩莱恩，[芬]J.图梅拉，[芬]P.萨默沃，[瑞典]M.赫斯，[芬]G.旺 内容简介 本书全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。书中在进行理论讲解的...