所谓有参 RNAseq,主要是指有参考序列的 RNAseq 分析,如图所示,对于有参RNAseq 不需要对转录本进行拼接,而是将测序数据与参考基因组序列进行短序列比对,所有分析内容基于比对结果进行计算,包括差异表达基因筛选,可变剪切,预测新转录本等分析。 RNAseq denovo 分析中, 需要先进行拼接,拼接出一个基因集,然后将这个基因...
RNA测序(RNA-seq)是转录组学研究的重要工具,也是生命科学领域最常用的技术之一。相比于传统通路研究低维度、低通量的局限性,转录组学有以下优势:1)能够动态考察细胞基因组的表达,多维度地反映差异变化;2)可用于研究占RNA绝大部分的非编码RNA,研究其结构以及在细胞生命活动中的重要调控作用;3)与蛋白组学研...
RNAseq 简介 RNA测序(RNA-seq)在过去十年里逐渐成为全转录组水平分析表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具,应用于如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome),RNA结构组(structurome), RNA-RNA/RNA-Protein的相互作用、空间转录组学(spatialomics)等多种RNA层面的研究(R. Stark, Grzelak, and Hadfield 2019)。 其...
通常,RNA-seq 用于由细胞混合物组成的样本,称为批量 RNA-seq,并且具有许多应用。例如,它可用于表征健康/患病、野生型/突变体或对照/处理样品中组织之间的表达特征。或者在进化研究中,使用不同物种组织样本的比较转录组学。除了用于转录本定量之外,它还可以用于在模型和非模型生物体中查找和注释新基因、基因亚型和其...
StatQuest学习笔记23——RNA-seq简介 前言——主要内容 这篇笔记是StatQuest系列笔记的第58节,主要内容是讲RNA-seq的原理。StatQuest系列教程的58到62节是协录组测序的内容。 RNA-seq研究的是什么 我们先来看一个案例,在下面的这个案例中,蓝色的细胞是一群正常的神经细胞,红色的细胞是一群突变的神经细胞。其中.....
RNAseq简介 转录组测序分析(RNA-seq)通过提取并反转录特定mRNA,使用高通量测序统计相关小片段,以计算不同mRNA的表达量。此方法能精确识别可变剪切位点及编码序列单核苷酸多态性,为研究某一物种特定组织或器官的转录本序列提供了全面信息。RNA-seq在基础研究、临床诊断和药物研发中广泛应用。RNAseq分析...
一、Snakemake简介 可以用来写组学(RNA-seq,chip-seq等)上游分析(去接头,比对,计数/call peaks等)流程化代码的工具。它减少代码复写,提高工作效率。 二、基本语法 rule project: #… Jade RNA-seq数据不仅仅是表达量 RNA-seq数据毫无疑问是目前NGS领域被 使用最频繁的了,但是大部分科研人员对它的理解,还停留在...
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达,这极大地改变了转录组学研究。目前已经开发了大量的scRNA-seq protocol,这些protocol各有特点,各有优缺点。由于技术限制和生物因素,scRNA-seq数据比 bulk RNA-seq数据更嘈杂、...