在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指...
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分析...
代谢途径可视化分析 8.RNA-seq结果图片如何解读? 测序项目完成,我们会获得大量的数据,包括有很多图片在内。当然,对于熟悉生物信息分析的大神而言,这些图片太easy。但是,在科研岗位上,还有很多生信小白。。。所以我们还是来讲一下如何解读这些结果图片。 9.RNA-Seq分析详细过程 9.1 RNA-Seq分析(1) 本文将要介绍的是...
答案全在这些图里---(1)测序质量篇,(点这里查看这一期微信),我们介绍了评估RNA测序质量的一些常见图示。本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主成分分析图是生信分析中最朴实无华的,因为谁都能看的懂。我们...
我们拿到差异基因,会对差异基因进行GO、Pathway富集分析,以了解基因参与的生物学过程及涉及到的通路。在写文章的时候,要放上GO、Pathway通路的图片,来说明,该实验处理显著的影响了重要的一些生物学过程(细胞周期、凋亡、糖脂氨基酸代谢等),重要的信号通路(Jak-STAT、p53、MAPK、PI3K-Akt、Wnt等)。那如何来放图呢?
未来,金域医学将不断整合各技术平台并完善自身服务能力,为患者提供更加全面和精准的技术方案,用更加全面、准确与易用的技术方案支持临床医生做好各类血液肿瘤的诊疗工作。 是否想和我们一样 对精准诊断怀有热忱? 金域医学诚聘志同道合的你 点击下方图片...
图片来源:Stuart T 和 Butler A 等人。单细胞数据的整合,bioRxiv 2018 (https://doi.org/10.1101/460147) 运行的不同分析步骤如下: 典型相关分析 (CCA): CCA 确定条件/组之间共同差异来源。它是 PCA 的一种形式,因为它可以识别数据中最大的变异来源,但只有在跨条件/组之间共享或保守的情况下(使用来自每个样...
(deg.data$Label) # 改变火山图点的颜色和坐标轴标注,使图片更美观 ggscatter(deg.data, x = "log2FC", y = "logQ", color = "Group", palette = c("#00BA38", "#BBBBBB", "#F8766D"), size = 2, label = deg.data$Label, font.label = 8, repel = T, xlab = "log2FC", ylab...
图1.2 理想的RNA简易电泳图(上图较好的RNA电泳图片。为节省实验时间,采用的是比较省时的琼脂糖凝胶电泳,电泳液为TAE缓冲液。胶浓度为1.2%,电压180v,时间22min),下图则为发生严重降解的。 下图1.3所示,为一个安捷伦生物分析仪对某样品做的电泳图谱。
RNASeq实战练习-转录组基本图片绘制 图说转录组——啥也别说,你要的都在图里了 下文载入数据仅为测试画图用,没有研究意义 生物学重复平行性检验 样本相关性分析 使用corrplot包可视化相关性矩阵 定量得到的 countdata.csv 作为输入数据 image-20210902142514973 ...