火山图是基于RNA-seq差异分析后对于表达量变化存在显著性差异后绘制的图像,其横纵坐标分别是P value和Foldchange。能够对于差异化的结果进行很好的可视化,显著观察到发生显著变化的基因。 原理 基于RNA-seq的实验方法就不过多赘述,本文主要阐述火山图的绘制方法。更多具体的原理参考:Wolf JB. Principles of transcriptome...
design=~cell+dex)dds<-DESeq(dds,betaPrior=FALSE)res<-results(dds,contrast=c('dex','trt','untrt'))res<-lfcShrink(dds,contrast=c('dex','trt','untrt'),res=res,type='normal')res<-as.data.frame(res)head(res)# baseMean log2FoldChange lfcSE stat pvalue padj# TSPAN6 710.0931707...
我们就直接基于所有RNA的差异表达分析结果来绘制lncRNA的火山图 #读入所有RNA的差异表达分析结果DEA=read.table("RNAseq_limma_all_result.txt",header=T,sep="\t")#挑选lncRNA的差异表达分析结果DElnc=subset(DEA,group=="long_non_coding")#查看维度dim(DElnc)#[1]9808#加载EnhancedVolcano包library(Enhan...
火山图 R语言绘制火山图 将DESeq2 分析得到的所有差异基因文件整理一下,删除有 NA 的行,保存为 volcano.txt image-20210902162758176 library(ggplot2)dataset1<-read.table('volcano.txt',header=TRUE)cut_off_pvalue=0.01cut_off_logFC=1pdf(file="volcano.pdf")ggplot(dataset1,aes(x=log2FoldChange,y=-...
我们就直接基于所有RNA的差异表达分析结果来绘制lncRNA的火山图 #读入所有RNA的差异表达分析结果DEA=read.table("RNAseq_limma_all_result.txt",header=T,sep="\t")#挑选lncRNA的差异表达分析结果DElnc=subset(DEA,group=="long_non_coding")#查看维度dim(DElnc)#[1] 980 8 ...
RNAdiff App,让你的RNA-Seq下游分析变得更简单! 本文档为RNAdiff 中文说明文档,并附演示视频。APP简介、详细获取方法、服务器部署方式以及中文文档请参考RNAdiff 首发 | 让你的RNA-Seq下游分析变得更简单,超实用!用docker在服务端部署shiny应用,RNAdiff 使用教程 | DEG分析、TPM计算以及火山图和热图的绘制,RNAdiff...
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