1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
5,提交出图 检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约5s后,会在页面上显示Marker基因火山图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator或者inkscape软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。 代码版: 此图使用scRNAtoolvis R包...
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
2, 单细胞火山图展示方式 在生信技能树两个不同单细胞亚群差异分析,何必一定要做火山图中提到NC文章 《CD177 modulates the function and homeostasis of tumor-infiltrating regulatory T cells》有以下呈现方式,横坐标使用cluster/celltype间的pct差值,纵坐标使用log2FC ,P值可以使用颜色来表示。
scRNA-seq数据降维聚类分析后发现响应组和耐药组之间的细胞比例没有显著差异,随后分析mIHC数据,发现响应组中的上皮细胞比例显著增加;耐药组的T细胞、巨噬细胞(MPs)和成纤维细胞水平显著升高。 02 集中分析这四个不同的细胞亚群 2.1 联合治疗GC患者中成纤维细胞主要有三种表达模式 BMP4在基质细胞中表达升高;表达高SER...
scRNA-seq图谱分为12个免疫、基质和上皮细胞亚群的广泛谱系。图e显示了每个样本中检测到的细胞类型分数,颜色如图1b所示。除内分泌细胞外,几乎所有患者中都发现了每种类型的细胞,其中大多数来源于患者GC07、GC08和GC10。 2.GC中的恶性...
最近,单细胞RNA测序(scRNA-seq)目前已成功用于破译GC的微环境。 在这篇文章中,作者应用scRNA-seq来绘制来自10名GC患者的肿瘤、癌旁正常组织和匹配有外周血中的免疫、基质和上皮细胞的转录图谱,并结合T细胞受体(TCR/BCR)全谱分析,希望能有助于胃癌TME和生物学特征的研究。 2 研究内容和结果 1. 构建GC微环境的...
图14 | 差异代谢通路火山图 图15 | top5核心代谢通路差异情况 Compass使用基因组规模的代谢网络,允许整个代谢转录组影响任何特定反应的计算分数而不仅仅是催化它的酶的 mRNA 编码,这有助于减少 mRNA 表达与代谢活动不相关的情况和scRNA-seq丢失的影响;软件还通过K近邻的信息共享,减轻单细胞数据的稀疏效应,进一步提升...
简介:scRNA分析|一(尽)文(力)解决你的单细胞火山图问题 当有了聚类结果(cluster)或注释结果(celltype)后就可以 找不同cluster/celltype间,不同样本间 或者 不同分组间的差异,为后面的 机制探索 或者 样本间/组间异质性研究 提供一些帮助。 但是在对差异结果进行可视化的时候,你是否经常会遇到以下情况, ...