PART 02 转录组分析的技术发展 PART 03 RNA-Seq在AD遗传机制研究中的应用 第一类:表皮发育和屏障功能相关基因 第二类:先天性免疫相关基因 第三类:适应性免疫相关基因 参考文献 PART 01 特应性皮炎 特应性皮炎(Atopic Dermatitis, AD),又称特应性湿疹,是一种典型的慢性炎症性皮肤疾病,其特征在于表皮屏障功能障碍...
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于microarray用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如...
时代和技术的进步下,RNA-seq也在进一步发展,基于更新的技术,RNA-seq可以在单细胞、翻译、空间等方向都有进一步的应用。与长读长技术的结合创新更是有助于更全面地了解RNA和转录乃至调控过程。 今天,我们一同回顾由剑桥大学James Hadfield教授等在Nature Reviews Genetics杂志上发表文章《RNA sequencing: the teenage yea...
RNA-seq,即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA,small RNA,non-coding RNA 等表达水平、表达差异基因的应用,在过去的十几年内迅速发展。而今, RNA-seq 在转录本变异、基因融合、可变剪切检测等场景均有大规模的应用。靶向 RNA-seq 则是对特定的转录本进行重点分析,与标准RNA-seq 类似...
1.技术优化和创新:随着单细胞测序技术的不断发展,研究人员正在努力提高其通量、灵敏度和准确性。例如,北京大学汤富酬教授与文路副研究员开发的基于第三代测序平台的单细胞RNA-seq技术,通过提高数据处理的高通量和高灵敏度,为全长转录本的检测提供了新的工具。
在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)已经成为在全转录组范围内分析差异基因表达和mRNAs差异剪接的重要工具。然而,随着下一代测序技术的发展,RNA-seq技术也在不断发展。现在,RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面,其中包括单细胞基因表达、翻译(翻译组,translatome)和RNA结构(结构组,structurome)。RNA-seq的其它应用也在...
相比之下,RNA-Seq具有很多优势。它能以单碱基分辨率测定特定基因的表达水平,了解等位基因特异性表达、选择性剪接、RNA编辑等等。RNA-Seq读取转录组序列的能力也让以前未研究过的新事件或新物种得以鉴定,而无需背景知识。 聚焦单个细胞 细胞分离技术的进步让RNA-Seq开始应用在单个细胞上,而不再是一大块样本 。NEB的开...
RNA-seq及其分析是近年来最火的研究方向之一。要详细了解RNA-seq的原理，首先需了解过往的各种测序技术。测序技术发展大致如下：1. 1977年Sanger测序 2. 1996年焦磷酸测序 3. 2003年cmPCR 4. 2003年ZMW 5. 2012年纳米孔测序 6. 现在：第二代测序（NGS）第一代测序技术（Sanger测序）优点在于测序读...
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(...