1.RNA-seq的测序误差主要由生物学误差(生物学重复,比如取30只小鼠采样)和技术性误差(技术性重复,比如对1只小鼠采样3次)造成,如果想要得到的数据为无偏的,那么生物学重复最重要,因为生物个体代表着样本,而技术手段只会造成不可控干扰。总的来说,只做技术性重复的实验结果偏差最大,技术性重复+生物学重复的实验结果...
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...
在过去的十几年中，RNA测序（RNA-seq）已经成为在转录组层面分析差异基因表达（DEG）和mRNA差异剪接的必备工具。时代和技术的进步下，RNA-seq也在进一步发展，基于更新的技术，RNA-seq可以在单细胞、翻译、空间等方向都有进一步的应用。与长读长技术的结合创新更是有助于更全面地了解RNA和转录乃至调控过程。今天，...
RNA-seq,RNA-seq(RNA sequencing)即转录组测序技术,就是用高通量测序技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。在过去的十年中,RNA-Seq技术迅速发展,并成为了在转录组水平上分析差异基因表达/mRNA可变剪切的不可缺少的工具。随着
本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描 短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其应用如此 广泛的原因。然后描述单细胞转录组和空间转录组的发展和应用。我们会举例说明 RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构, ...
长读长RNA测序:长读长RNA测序则区别于长读长cDNA测序,减少了将mRNA转换为cDNA的过程,直接对RNA测序。这种测序技术不用cDNA合成和扩增,简称为dRNA-seq。这种测序方式的优势在于对转录本的检测和对于Poly(A)尾长度的评估,同时还可以进一步检测部分碱基修饰,但是该技术依然存在一定缺陷,比如对于样本的制备要求更高,测序...
在前两期中,我们分别介绍了RNA-seq(短读长测序、长读长测序和长读长RNA直接测序)以及RNA-seq流程(建库、实验设计和分析)方面的知识,本期我们主要介绍RNA-seq技术的延伸和升级,包括单细胞测序、空间转录组、新生RNA分析、翻译相关分析等。 五、RNA-seq的发展(Beyond bulk...
2. RNA-seq从多细胞到单细胞的发展史：最早的RNA-seq，把一大群细胞混在一起，抽出RNA一起测序。
RNA测序(RNA-seq)已经成为分析基因差异表达和mRNAs差异剪接不可或缺的工具。随着下一代测序技术的发展,RNA-seq也在发展。 目前,RNA-seq方法可用于研究RNA生物学的许多不同方面,包括单细胞基因表达、翻译和RNA结构。随着直接RNA-seq技术和更好的数据分析工具的出现,RNA-seq的发展有助于更全面地理解生物科学,本文解读...