虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是它的主要应用(表1),并且是DGE研究的常规工具。 RNA-seq的广泛应用促进了对许多生物层面的理解,如揭示了mRNA剪接的复杂性、非编码RNA和增强子RNA调控基因表达的机制。RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析...
说起siRNA、shRNA和miRNA就不得不提RNA干扰(RNA interference,RNAi),它是指由一段短双链RNA引起的基因沉默现象。1998年,Andrew Z. Fire等在实验中发现,单独使用纯化的正义RNA链或者反义RNA,不能导致秀丽隐杆线虫的肌肉抽搐,作为对照加入的双链RNA则具有极强的抽搐效果[1]。加入的双链RNA的抑制效果远强于理论上...
下面介绍的这篇文章结合了上述两个对mRNA翻译能力有影响的因素,有了新的发现,利用RNA-seq、MeRIP-seq、Ribo-seq等技术验证了miRNA会靶向结合到m6A显著富集的区域,使之发生去甲基化,增强mRNA的翻译能力,一下打开了我局限在ceRNA的miRNA中的研究思路! Plos GeneticsIF(2021):6.02 中文题目: 在胶质母细胞瘤中,miRNA...
DNA 芯片上排列着大量的核酸探针，可以代表生物的整个基因组或部分基因组，比如外显子、miRNA、单核苷酸多态性 SNP 等等。用芯片分析基因表达需要抽提 RNA，将其反转录为 cDNA，然后进行荧光标记。芯片上各点的信号强弱，代表了该探针目的基因的表达量。RNA-seq 主要是将 RNA 转化为 cDNA 文库，然后进行直接测序。...
尽管Illumina是目前主流的RNA-seq平台,但Pacific Biosciences(PacBio)和Oxford Nanopore(ONT)能在完整的RNA分子反转录为cDNA后进行单分子长读长测序。因为消除了short RNA-seq reads需要的组装步骤,可以解决short reads测序相关的一些问题。例如:序列比对的模糊性降低,可以鉴定更长的转录本,这些有助于更好地检测转录异构...
大多数发表的RNA-seq数据都是基于oligo-dT方法富集包含poly(A)尾巴的转录本,定位于分析转录组上的蛋白质编码区 (生信宝典注:部分lncRNA也有poly(A)尾巴)。但是这种方法除了会导致3ʹ端偏好外,很多不含Poly-A尾巴的非编码RNA,例如miRNA和增强子RNA不会被测到。完全不进行选择而使用全部提取的RNA也不合适,因为这...
说起siRNA、shRNA和miRNA就不得不提RNA干扰(RNA interference,RNAi),它是指由一段短双链RNA引起的基因沉默现象。1998年,Andrew Z. Fire等在实验中发现,单独使用纯化的正义RNA链或者反义RNA,不能导致秀丽隐杆线虫的肌肉抽搐,作为对照加入的双链RNA则具有极强的抽搐..
在该论文中，作者利用RNA-seq和miRNA-seq分析揭示了杨树患病叶片中差异表达的基因以及miRNA。其中，miRNA-seq数据分析显示在短期病叶（SD，有新出现的轻微花叶症状）中共鉴定到84个差异表达的miRNA，在长期病叶（LD，具有典型且显著的花叶症状）中共鉴定到89个差异表达的miRNA。这些差异表达的miRNA中有78个是已知的，...
RNA-Seq,即RNA测序技术,也称为转录组测序技术,是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。主要测序对象包括信使RNA(mRNA)、微RNA(miRNA)和非编码RNA(ncRNA),用高通量测序技术进行测序分析,反映出它们的表达水平。🚀 高通量测序技术 高通量测序技术(High-throughput sequencing),也称为“下一代”测序技术(Next...
在过去的10年里,RNASeq(RNA sequencing)已经成为检测全转录组分析差异表达基因和mRNA差异剪切分析必不可少的工具。随着高通量测序技术的发展RNASeq也随之发展起来,结合长读长RNA测序、RNA直接测序技术以及更好的数据分析计算工具等,目前已可以用于研究单细胞基因的表达、翻译、...