a. miRNA是内源的,因此不再涉及靶标设计,而是从已知的miRNA库中选择,或者从文献中选择,比如已知同种属A物种miRNA对A基因的调控,想研究B物种中该miRNA是否能调控A基因的同源基因。早期研究认为miRNA主要靶向mRNA的3’-UTR区,虽然现在发现越来越多靶向CDS区和5’-UTR的miRNA,但选择时仍然推荐优先考虑3’-UTR区,尤...
而Rfam数据库包含许多特征明确的RNA家族,例如rRNA或tRNA,而mirBase和Miranda是专门研究miRNA的 9. 整合分析 将RNA-seq数据与其他类型的全基因组数据进行整合分析,使我们能够将基因表达的调控与分子生理学和功能基因组学的特定方面联系起来。 DNA测序 将RNA测序和DNA测序相结合,可以进行SNP、RNA编辑和表达数量性状基因座...
miRNA的数据并没有变化。 1.打开TCGA官网https://portal.gdc.cancer.gov/。在搜索框输入chol,选择第一个PR(project),TCGA-CHOL 2.在跳转的页面中,点击RNA-Seq后面的数字 3. 在新打开的页面中,点击左上角的Files 4.接下来就是不一样的地方了,可以看到在workflow type里面没有HTSeq-Counts了,取而代之的是S...
RPKM/FPKM与RPM的区别:考虑了基因长度对read读数的影响。 RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似...
RNA-seq的发展和进步一直离不开技术发展的支持(湿实验方面和计算分析方面),且与先前的基于基因芯片的技术比起来,获得的信息更多、偏好性更小。到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA...
一个是转录组测序，reads长度是150bp，是用磁珠把所有的有polyA的mRNA都调出来，一个miRNA测序，是切胶...
接下来也挑了p值最小的miRNA绘制reads count图,发现两组之间的差异确实蛮明显的。 图表7p值最小miRNA 最后,进行了主成分分析,绘制PCA图,紧致性不如上面的RNA-seq,应该是前两个PCA代表的信息太少的缘故,第一主成分只有代表源数据19%的信息,第二主成分代表17%的信息,俩主成分加起来才有刚刚一个主成分那么多信...
上一篇已经系统介绍了有参RNASeq上游分析,基本都是RNASeq通用常规分析,今天着重介绍差异表达分析及常用可视化作图,推荐在R里面做,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以用edgeR。基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点 一、差异表达分析 什么是差异表达分析?
拖后腿学徒居然也完成作业，理解RNA-seq数据分析结果 拖后腿学徒居然也完成作业，理解RNA-seq数据分析结果 前⾯我出了⼀个学徒作业，下载表达矩阵后绘制P C A图及热图，然后理解作者给出的R P M和r a w_c o u n t s的差异，详见：理解R N A-s e q表达矩阵的两个形式很意外，12⽉学徒肖⼀僧...