1、三者的成熟体都是长度在20-25nt的小RNA,siRNA是3’端有两个游离的碱基,5’端有磷酸基团的双链RNA,shRNA经过加工形成siRNA,miRNA则最终形成单链RNA。 2、siRNA一般是人工合成的线性双链RNA(dsRNA),shRNA、miRNA则是通过发卡结构形成的局部双链RNA。siRNA和shRNA的双链区是完全互补配对的,而miRNA绝大多数情...
尽管miRNA、lncRNA和circRNA都是RNA分子，但由于它们在结构和功能上的不同，研究方法也有所不同。每种R...
RNA-seqmiRNA-seq联合分析再接下来可以进行主成分分析对整个表达矩阵计算主成分然后选取前面两个主成分绘制pca图可以看见pca1代表了原本36的信息量pca2代表了原本10的信息量然后normal和其他两类比较能分得开比起之前那次作业芯片数据这次的紧致性要好得多 RNA-seqmiRNA-seq联合分析 RNA-seq miRNA-seq联合分析 背景...
跟RNA-seq拿到的counts矩阵是类似的分析策略,只不过是miRNA-seq热度已经过去了,我也仅仅是五年前接触过一次。 其实miRNA-seq数据上游分析有两个方案,一个是仅仅针对已知的miRNA进行定量,这样的话无需比对到物种参考基因组,仅仅是比对到miRNA序列合集即可。另外一个挖掘新的miRNA,主要是考虑到人类对miRNA的认知的不停...
· 分辨率高:可以检测小 RNA单个碱基的差异; · 精准度高:从几个到数十万个拷贝精确计数; · 不依赖已知信息:既能鉴定已知小RNA,又能发现新小RNA; · 可重复性高:深度测序保证了抽样随机性,重复性非常好,无需重复实验。 研究内容 基于Illumina HiSeqTM 2000高通量测序技术的小RNA数字化分析,采用边合成边测序...
研究方法:miRNA-Seq、mRNA-Seq、 RIP-Seq、RIP-qPCR 研究摘要 非小细胞肺癌(NSCLC)是一种高致死性肿瘤,经常对靶向治疗产生耐药性。研究表明,TBK1磷酸化AGO2的S417位点(pS417-AGO2),通过增加microRNA诱导的沉默复合体(miRISC)的形成促进NSCLC的进展。临床NSCLC标本中高水平的pS417-AGO2与不良预后呈正相关。有...
miRNA-seq数据处理实战指南: ·http://bib.oxfordjournals.org/content/early/2015/04/17/bib.bbv019.full 直接用一个包搞定: ·http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/easyRNASeq.html github流程:miRNA Analysis Pipeline v0.2.7 ·https://github.com...
RNA-seq miRNA-seq联合分析 背景知识 肝癌细胞经常会入侵门静脉系统,从而导致门静脉癌栓,但是还没有一个详尽的研究来讨论其中的作用机制,因此需要对肝癌组织(tumor),门静脉组织(PVTT),癌旁组织(normal)进行采样分析。 数据来源 数据来源于2017年5月24日清华大学更新的miRNA-seq,DNA methylation, CNV, RNA-seq 项...
微小RNA测序(miRNA-Seq)是一种用于研究微小RNA(miRNA)表达的高通量测序技术。miRNA是一类短小的非编码RNA分子,在基因调控、细胞生命周期、发育和疾病等多个生物学过程中发挥重要作用。 技术原理: miRNA是一类长度约为20-25个核苷酸的非编码RNA分子,能够通过与靶基因的mRNA结合,调控基因表达。 分析流程: 1)数据预处理...