比对基因组序列是有很多工具的,当然这个是用于RNA-seq的,我的例子给的是scRNA-seq,应当使用10X自己的cellranger来处理,然后导入scanpy分析。此处只列举STAR,至于HISAT2, TopHat暂不考虑。 首先是安装STAR这个分析软件: sudo apt-get install g++ make # 确保已安装C++编译器(如g++)和Make工具 wget https://githu...
scRNA-seq和snRNA测序可以使用相同的Seurat流程，但是QC指标需要不同 2.scRNA-seq和snRNA-seq即使通过整...
说起来scRNA-seq和bulk RNA-seq,研究者常见到他们的地方是技术对比,都说scRNA-seq相较于bulk RNA-seq做出了多大的改进,而关联的还是少见甚至第一次听说。这两者的关联正是基于常说的“改进”的衍生。 诚然,scRNA-seq在分辨率上做出了很大的改进,但是也因此做出了牺牲,其基于polyA的RNA捕获策略和低浓度的扩增体系...
从肿瘤中分离CD45+免疫细胞并进行单细胞RNA-seq(scRNA-seq)。与NC组相比,具有YTHDF1-KO的肿瘤表现出粒细胞髓系-衍生的抑制细胞(G-MDSC,簇3)和嗜中性粒细胞的显著减少(图1F)。进一步将T细胞和NK细胞重新聚类为CD4+T、CD8+T、NKT和NK细胞亚群,与对照相比,它们在YTHDF11-KO肿瘤中同时增加(图1F)。检查了...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
为了研究CAF和PVL细胞的空间定位,作者对患者组织进行了免疫组织化学(IHC)实验,并使用先前由scRNA-Seq和DGE鉴定的标记来鉴定基质细胞类型。结果显示基质细胞亚群在空间上是不同分布的,myCAF位于侵袭性肿瘤前沿,而iCAF位于该区域的远端,PVL细胞高度分散于肿瘤间质,与侵袭性恶性肿瘤区域无明显共定位。
对于scRNA-seq，我们将使用STAR进行比对，这是RNA-seq数据比对的常见工具之一。在这个过程中，我们将详细说明STAR的安装与使用方法，包括基因组生成、参数设置以及数据比对流程。在完成数据比对后，接下来的步骤是使用cellranger来处理scRNA-seq的fastaq文件。cellranger 是10X Genomics的工具，专门用于scRNA-seq...
ptosis and a prognostic signature in BLCA 对scRNA-seq和批量RNA-seq的全面分析揭示了BLCA中disulfidptosis 的特征和预后特征发表期刊:Aging-us 影响因子:5.2 涉及技术:scRNA-seq、RNA-seq 该研究扩展了对disulfidptosis相关基因及其在膀胱癌中的作用的理解,开发了一种预后工具,用于预测膀胱癌患者的预后和免疫治疗...
在探索基因表达的宇宙中,Bulk RNA-seq就像我们的宇航员,提供了整体星系的平均状况,适合于探索广袤宇宙的大样本和各种表型。然而,这只是我们太空探险的一部分,因为我们渴望更深入地了解单个细胞的奇妙世界。 在这个微小的星系中,就像使用高级望远镜观察星座一样,scRNA-seq是我们的微型望远镜,带来了单个细胞基因表达的细致...
bulk-RNAseq的定量 首先来看一下如何使用kallisto来做常规RNAseq的定量,只需两步即可,第一步是构建比对参考基因组(该步骤只需做一次,后面可以直接使用),第二步就是定量(该软件无需单独做一次比对,而是直接将reads比对后定量出结果,在步骤上一气呵成)。下面来看看具体的代码示例: ...