RNA-seq的应用和进步是由技术发展(湿实验室和计算生物学)驱动的,相对于以前的基因芯片,RNA-seq这种方法对RNA生物学和转录组产生更丰富并且偏见更小的信息。到目前为止,从标准的RNA-seq方法衍生而来的各种RNA-seq方法几乎有100种。Illumina的短读长(short-read)测序平台能对这些由大部分不同方法的RNA-seq构建的文库...
在过去的十几年中，RNA测序（RNA-seq）已经成为在转录组层面分析差异基因表达（DEG）和mRNA差异剪接的必备工具。时代和技术的进步下，RNA-seq也在进一步发展，基于更新的技术，RNA-seq可以在单细胞、翻译、空间等方向都有进一步的应用。与长读长技术的结合创新更是有助于更全面地了解RNA和转录乃至调控过程。今天，我...
今天,我们一同回顾由剑桥大学James Hadfield教授等在Nature Reviews Genetics杂志上发表文章《RNA sequencing: the teenage years》,虽然文章发表于2019年末,但其全面总结了RNA-seq十余年的发展,囿于篇幅,挂一漏万,非常建议各位读者阅读原文。 RNA-seq至今已有近二十年的发展,为我们认知基因组功能助力巨大。RNA-seq最常...
今天,我们一同回顾由剑桥大学James Hadfield教授等在Nature Reviews Genetics杂志上发表文章《RNA sequencing: the teenage years》,虽然文章发表于2019年末,但其全面总结了RNA-seq十余年的发展,囿于篇幅,挂一漏万,非常建议各位读者阅读原文。 RNA-seq至今已有近二十年的发展,为我们认知基因组功能助力巨大。RNA-seq最常...
二、RNA-seq技术的发展历史 Illumina的短序列读长测序技术生成了SRA(Short Read Archive)中95%已表达的数据(附件表2)。由于cDNA的短序列读长测序方法几乎是一种常规的方法,因此 我们认为这是一种最基础的 RNA-seq技术,我们先来讨论这种测序主要流程与局限。不过,长读长cDNA测序与dRNA-seq已经兴起,随着研究人员对...
第三课 RNAseq发展历史 RNAseq主要获得基因的表达水平 分子杂交 RT-PCR(需要预先知道序列信息才能采用该方法) EST表达序列标签(只能得到部分转录本信息,而得不到全部的转录本信息) 基因表达的连续分析技术SAGE 芯片技术Microarray(只能检测已知的序列,且不容易定量) ...
TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat + Cufflinks作为转录组数据分析的标准流程,不知帮多少人完成了毕业论文,可以说为转录组学的发展立下了汗马功劳。但江山代有人才出,随着...
TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件,能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对,并考虑了剪接事件,提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经Tophat +Cufflinks作为转录组数据分析的标准流程,不知帮多少人完成了毕业论文,可以说为转录组学的发展立下了汗马功劳。但江山代有人才出,随着新...
来自哈佛-麻省理工Broad研究所的研究人员,近日将5种不同的转录组测序(RNA-seq)法进行了对比,比较结果显示RNase H技术在分析低质RNA样品方面优于其他技术,且价格最为便宜;SMART和NuGEN法适应于分析少量RNA。2篇研究论文在线发表在《自然》(Nature)和《自然方法》(Nature Methods)杂志上。
一、转录组测序技术发展历史 二、应用: 1、罕见病的研究 2、靶点的选择 3、探究机制三、 GSEA可以克服GO/KEGG富集分析的3个潜在缺陷: ...