在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指...
两者的区别在于RPKM是单末端RNA-seq,FPKM是双末端RNA-seq,后者的两个末端均可匹配到基因组,故每个DNA片段可得到2个reads。有时候双末端中一个末端reads质量低,仅余下一个末端具有高质量的reads。FPKM记录的是DNA片段的轨迹,故配对的2个reads并不会被记录两次。...
我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中 FPKM 的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数值)。从这张图可以观察,偏离对角线的点越多,说明样品表达量的相关性越低,重复性越差;偏离对角线的点越少,则说明样品间表达量的相...
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批次效应是RNA-seq分析的一个重要问题，仅由批次效应就能导致显著的表达差异。Hicks SC, et al., bioR...
说明:人类基因组中,AT配对,GC配对,高等生物中GC含量会略低于AT含量。所以好的测序结果应该是A与T平行且接近,G与C平行且接近,AT平行线所占比例略高于25%。通常测序一开始或者结束的时候,会有一些含量的突然变化,属于正常的测序bias。 Pat2用于展示RNA-seq测序数据是否来源于RNA ...
可视化DE结果 检索基因模型 导出浏览器曲目 向DESeq2结果添加注释 我们有一个显着差异表达基因的列表,但我们可以看到的唯一注释是Ensembl基因ID,它不是非常有用的信息。 有许多方法可以添加注释。一种方法是使用org.Mm.eg.db包执行此操作。该套餐是每6个月重建一次的有机体级套餐之一。这些封装列在Bioconductor 的...
RNA-seq中,KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。 对于有参考基因组的物种,转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图(Organism-specificpathway map),物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。 节点(矩形框)代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应。框中的数字 ...
为了汇总结果,DESeq2中一个方便的函数是summary()。它与用于检查数据帧的函数同名。当使用DESeq结果表作为输入调用此函数时,将使用默认阈值padj < 0.1汇总结果。但是,由于我们在创建结果表阈值时将alpha参数设置为 0.05:FDR < 0.05(即使输出显示 p 值 < 0.05,也使用 padj/FDR)。让我们从 OE 与对照结果开始: ...