RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里...
【佳学基因检测】RNAseq分析结果展示 为了将测试结果变成漂亮的图表,其中的一个图是:通过plotCounts函数,以DESeqDataSet、基因名称和数据fenzu作为参数,绘制特定基因的表达变化对比图。 Normalized counts for a single gene over treatment group. We can also make custom plots using the ggplot function from the...
ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果 完整代码 代码语言:javascript 复制 DEGs<-read.csv("volcano_plot_example_data.csv",header=T,stringsAsFactors=F)dim(DEGs)df<-DEGs[-log10(DEGs$padj)>25,]dim(df)library(ggplot2)library(ggrepel)ggplot(DEGs,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj)))+geom_po...