为⼤家介绍RNA-seq结果第⼀部分常见的图⽰，这些图反映了测序的质量。有了质量的保证，后续 的数据分析才有价值。接下来，便是”看图说话“时间！Pat1⽤于展⽰RNA-seq测序原始数据质量的图⽰ 当⼆代测序的原始数据拿到⼿之后，第⼀步要做的就是看⼀看原始reads的质量。如果⼀开始质 量就不...
本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主成分分析图是生信分析中最朴实无华的,因为谁都能看的懂。我们不需要操心X,Y轴的主成分到底是什么,只要明白每个样本都被一个2维坐标(X,Y)定位到了这张图上。对于基...
能不能用例子说明一下？@biostar2009@wizardfan发自小木虫Android客户端
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rnaseq结果可以通过以下步骤来解读:1. 查看测序结果质量:测序结果的质量由Q值表示,Q值在0-40范围内。一般认为,测序结果的质量好,集中在30-40范围内。2. 查看碱基分布情况:碱基分布图显示了碱基在每条序列中的含量。蓝色的线是程序根据经验分布给出的理论值,红色是真实值,两者应该比较接近才比较好。3. 查看N统计...
Pat1用于展示RNA-seq测序原始数据质量的图示 当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。如果一开始质量就不行,后面什么分析都是在浪费时间啊!这一步常用的工具是Fastqc。通常,会以单碱基质量分布图,ATCG含量分布图去展示原始数据的质量。
本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主成分分析图是生信分析中最朴实无华的,因为谁都能看的懂。我们不需要操心X,Y轴的主成分到底是什么,只要明白每个样本都被一个2维坐标(X,Y)定位到了这张图上。对于基...
本期,小编继续“看图说话”,一起看看RNA-seq基础分析里的图示都反映了哪些内容吧。 1 主成分分析图(PCA图)---用RNA测序结果体现样本聚类 主成分分析图是生信分析中最朴实无华的,因为谁都能看的懂。我们不需要操心X,Y轴的主成分到底是什么,只要明白每个样本都被一个2维坐标(X,Y)定位到了这张图上。对于基...
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Pat1用于展示RNA-seq测序原始数据质量的图示 当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。如果一开始质量就不行,后面什么分析都是在浪费时间啊!这一步常用的工具是Fastqc。通常,会以单碱基质量分布图,ATCG含量分布图去展示原始数据的质量。