在RNA-seq项目中,常见的结果包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。 1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分...
你只要记得,deseq2只是一个差异分析的软件,就是类似于做方差分析的软件一样,只不过其通过log变换和中位数挑选来排除异常值的影响。 deseq2矫正的原理可以看原北卡罗来纳大学教堂山分校的Josh Starme的StatQuest系列视频教程https://statquest.org/video-index/,里边的统计学原理值得学习,也有人将这个系列的视频整理...
我们最想看到的情况就是,相同表型的个体(比如疾病组)会在图中聚类在一起。 2 差异基因表达散点图---体现重复样本的重复性好不好 我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中 FPKM 的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数...
其中mRNA-seq是polyA富集法,Ribo-Zero是核糖体去除法,DSN-Seq是双链特异性核酸酶处理法,FFPE是石蜡包埋样品。图上可以看出,约1350万read的mRNA-seq就能达到芯片的检测量。石蜡样品要求测序量要多一些才能达到饱和。 Pat4用于展示RNA-seq测序是否有偏向性 05 基因覆盖度分析结果图 说明:同时展示了测序是否有偏向性...
2. 通过3D图形展示分析结果 结果显示: 3. 使用2D图形展示分析结果 结果显示: 2.2 以列表形式输入 当然,我们也可以将两组分析结果以列表的形式进行输入,并将两组分别命名为a和b;同样,我们可以来查看一下最终的分析结果: 1. 以表格的形式汇总了整体的分析结果 可以看到,在结果中,根据分组名称,分别对不同阈值下...
RNA-seq中,KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。 对于有参考基因组的物种,转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图(Organism-specificpathway map),物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。 节点(矩形框)代表某一基因、该基因...
RNA-seq数据分析 判断测序的质量 分析的第一步,一般是先把测到的RNA片段,先mapping(比对)到基因组上。在比对完后,可以先看一下,有多少RNA片段是在靠近基因的5'端位置,又有多少片段在是靠近基因的3'端位置。 上图就是把所有的基因,都按其外显子的长度拉直,然后归一化到“0 - 100”的长度。看比对上的片段...
安诺基因拥有专业的RNA提取检测团队,一流的质检平台,保证样品检测结果准确可靠。RNA样品质检合格后,欢迎随时与我们联系~ 安诺基因在RNA-seq方面具有丰富的项目经验,拥有高水平实验团队,先进的测序平台,经验丰富的分析团队,产品类型包括circRNA测序,全转录组测序,lncRNA测序,普通转录组测序等,个性化分析+高级分析任您选,全...
RNA-seq中,KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。 对于有参考基因组的物种,转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图(Organism-specificpathway map),物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。 节点(矩形框)代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应。框中的数字 ...
纵轴是富集terms，这都没问题，然后填充按照分组，并赋予和文章中类似的颜色。然后就是按照分组做四个图...