在RNA-seq项目中,常见的结果包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。 1、火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指标:fold change和校正后的p value,利用T检验分...
为⼤家介绍RNA-seq结果第⼀部分常见的图⽰，这些图反映了测序的质量。有了质量的保证，后续 的数据分析才有价值。接下来，便是”看图说话“时间！Pat1⽤于展⽰RNA-seq测序原始数据质量的图⽰ 当⼆代测序的原始数据拿到⼿之后，第⼀步要做的就是看⼀看原始reads的质量。如果⼀开始质 量就不...
我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中 FPKM 的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数值)。从这张图可以观察,偏离对角线的点越多,说明样品表达量的相关性越低,重复性越差;偏离对角线的点越少,则说明样品间表达量的相...
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能不能用例子说明一下？@biostar2009@wizardfan发自小木虫Android客户端
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图表往往能直观地展示研究的关键结果。先浏览文章中的图表，尝试理解其含义和所传达的信息。二、深入阅读...
转录组测序（RNAseq）：这是当前研究RNA编辑最常用的方法，通过测序RNA分子来研究基因表达和RNA编辑情况。
测量四个开花阶段花香挥发物的排放量变化,结合bulk RNA-seq筛选出28个DEGs可能在梅花花香合成中发挥作用,尤其是PmBAHD3可能参与苯甲酸乙酯的合成。通过原位杂交,确认了参与花香合成的关键基因主要在表皮细胞、薄壁细胞和维管组织中表达,与 scRNA-seq 数据一致。结果表明这些细胞类型是梅花香气合成的主要场所。该研究构建...
科学家们,使用ribominus-RNA seq,然后对测序结果进行map,寻找可以map到特定基因融合位置反向连接的reads,然后科学家们,使用两种方法,进行评估,首先科学家们,生成特定的融合基因融合circular library,然后对reads进行map, 方法2, 则首先将reads mapping到UCSC的参考转录本中,然后将没有map的数据map到融合RNA中。既然发现...