RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里...
当然,我们也可以将两组分析结果以列表的形式进行输入,并将两组分别命名为a和b;同样,我们可以来查看一下最终的分析结果: 1. 以表格的形式汇总了整体的分析结果 可以看到,在结果中,根据分组名称,分别对不同阈值下的差异表达基因数量进行了汇总分析; 2. 对结果进行可视化展示:与之前结果不同的是,该结果无法以3D的...
在RNA-seq项目中,常见的结果图片包括:火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作网络图等等。 本期,我们先来看看火山图、韦恩图、聚类热图和折线图。 火山图 RNA-seq中,火山图(Volcano Plot)显示了两个重要的指...
说明：⼈类基因组中，AT配对，GC配对，⾼等⽣物中GC含量会略低于AT含量。所以好的测序结果应该 是A与T平⾏且接近，G与C平⾏且接近，AT平⾏线所占⽐例略⾼于25%。通常测序⼀开始或者结束的时候，会 有⼀些含量的突然变化，属于正常的测序bias。Pat2⽤于展⽰RNA-seq测序数据是否来源于RNA ...
project_code是项目代码,比如TCGA-LUAD,这里也可以当job id设置,用以区分;project.clinical与project.exp就是临床信息数据集和RNA表达数据集(如果引用非TCGA数据集时变量名对不上,自己改下哈);outdir设置输出文件目录;ID_transform用来控制样本ID的转换,TCGA临床数据用的是-分隔样本ID,而RNAseq结果中用的是.分隔,...
对于常规的2组样本RNAseq研究,我们关心的是组1和组2到底哪些基因有显著的差异表达(T检验获得P值,p值反映显著性),差异表达基因在组1和组2之间到底差了多少倍。 这些信息都是通过火山图展示了出来的。火山图是以log2(差异倍数)为横坐标,以T检-log10(P值)为纵坐标。所以,我们最关心的基因就是图中左上角和右...
差异基因展示方式除了热图、火山图,还有传说中的“瀑布图”(不确定是不是叫瀑布图,我感觉更像S型图),近两天我在浏览简书的时候发现了一篇好文,来自简书作者ZZZZZZ_XX的一篇:测序结果概览:基因表达量rank瀑布图,高密度表达相关性散点图,注释特定基因及errorbar的表达相关性散点图绘制,觉得里面有一张图很有意思,...
RNA-seq中,对差异表达基因进行KEGG富集分析,可以通过散点图展示。此图中,KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。 横坐标是Rich factor,数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term...
RNAseq结果展示1(附件):对照组、药物浓度1组、药物浓度2组差异基因展示及GO/KEGG结果。 说明:A是所有的差异表达基因,1500个,可以看出,作者没有做生物学重复,由于基因过多,所以未显示基因名字。这是一个差异表达基因的常用展示方法,将所有差异基因做个热图。B,对差异基因做KEGG,找通路。C,GO分析中的生物学过程。
这个文章跟着之前的文章完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)用了之前分析的 cuffdiff 的结果,参考视频https://www.bilibili.com/video/BV1gW411Y7Qf 文中用到的hic的数据由于是别人的东西,就不方便放出来,可以看一下孟叔视频,加群后可以在群文件下载 ...