PROTAC-DB 3.0:最新版本的PROTAC数据库 近年,人工智能辅助药物设计(AIDD)加速了包括PROTAC降解剂在内的药物开发,而药物分子数据库在AIDD中发挥着关键作用。 2024年9月初,来自浙江大学的Jingxuan Ge等人在 Nucleic Acids Research 上展示了在线数据库PROTAC-DB 3.0的更新内容。 PROTAC-DB 1.0 2.0 3.0的数据统计;3...
PROTAC-DB 3.0的更新内容概览 [访问链接:http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/] 与在前两个版本(PROTAC-DB 1.0和2.0)中收集数据的方法一致,作者团队使用关键词‘degrader* OR proteolysis targeting chimera’在PubMed数据库中搜索原始论文,对于每篇文章,手动收...
关于成药性参数,PROTAC的细胞渗透性数据从41项增加到64项。详细更新情况如表1所示。 表1. PROTAC-DB 3.0与之前版本的数据统计对比 此外,本次更新增加了药物代谢动力学参数信息,共计145项。药物代谢动力学参数信息显示在PROTAC详细信息页面的单独选项卡中,如图1所示。 图1. PROTAC详细信息页中的药物代谢动力学...
蛋白降解靶向嵌合体(Proteolytic targeting chimera,PROTAC)是一种新兴的药物治疗手段,其可介导靶蛋白和E3泛素连接酶间的相互作用,并通过泛素-蛋白酶体系统实现对靶蛋白的特异性降解。凭借着不同于传统小分子抑制剂的作用机制,PROTAC有望靶向...
图1显示了PROTAC-DB的基本数据收集与处理阶段。应用计算机检索PubMed数据库中的PROTAC信息,检索词为“degrader* OR protac OR proteolysis targeting chimera”。收集有关小分子PROTACs的文献,排除多肽基PROTACs和HaloTag PROTACs的文献。随后,从文献中手工提取了PROTACs的化学结构和生物活性,生物活性包括降解能力、结合亲...
在检索工具上,PROTAC-DB可以进行基于文本的检索和基于结构的检索。基于文本的搜索是在整个PROTAC-DB中进行搜索的一种简单方式,只需输入单个术语,如目标名称、化合物名称或ID。对于基于结构的搜索,用户可以在ChemDoodle编辑器中输入SMILES字符串、上传MOL/SDF文件或绘制分子草图。导入自编辑的分子后,可以从三个搜索选项...
dBRD9 是一种 PROTAC,能选择性的降解 BRD9。dBRD9 改进了溴域接合剖面,降低了整个 BET 家族的结合活性。相关厂家报价 产品名称价格公司名称报价日期 化合物dBRD9|T31221|TargetMol ￥987 VIP3年 TargetMol中国(陶术生物) 2025-02-28 dBRD9 询价 北京百奥创新科技有限公司 ...
靶向蛋白降解嵌合体(PROTAC)是一种双功能分子,由结合靶蛋白(POI)配体、E3连接酶结合配体和连接它们的Linker三部分组成,可利用体内天然存在的泛素-蛋白酶体系统(UPS)降解致病蛋白从而达到治疗疾病的目的。该技术已经成为一种全新的药物开发手段,并得到科研院所、药企和投资机构的青睐。截至目前,有19款PROTAC药物处于临...
除此之外,一些国内的药企比如开拓药业、凌科药业、海思科、美志医药、睿跃生物、海创药业和万春医药子公司Seed Therapeutics等均已在PROTAC领域布局。本期内容我们来看看开拓药业和凌科药业的PROTAC管线。 01开拓药业开拓药业成立于2009年,专注发展以皮科和肿瘤等相关疾病为核心,尤其是雄激素受体相关的潜在“best-in-...
为了促进PROTAC的合理设计,浙江大学侯廷军教授课题组开发了PROTAC-DB数据库,对PROTAC的实验数据和结构信息进行了收集和注释,相关成果于近日发表在影响因子近12分的《Nucleic Acids Research》上,大家可以通过登陆网址http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/访问该数据库。