PROTAC-DB 3.0较上一版数据库更新近一倍数据 基于分子相似性的搜索和排序 根据文献发表日期进行搜索结果排序 总结 参考资料 蛋白水解靶向嵌合体(Proteolysis-targeting chimera,PROTAC)是一种利用泛素-蛋白酶体系统靶向蛋白质降解的新兴治疗技术。然而,这一技术仍处于待成熟阶段,PROTAC分子的理性设计仍然是一个巨大的挑...
PROTAC-DB 3.0的更新内容概览 [访问链接:http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/] 与在前两个版本(PROTAC-DB 1.0和2.0)中收集数据的方法一致,作者团队使用关键词‘degrader* OR proteolysis targeting chimera’在PubMed数据库中搜索原始论文,对于每篇文章,手动收...
目前PROTAC的设计仍然是一个巨大的挑战,为了对PROTACs进行合理设计,本文提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB,它集成了PROTACs的结构信息和实验数据。目前,PROTAC-DB已经囊括了1662个PROTAC、202个弹头(靶向目标蛋白质的小分子)、65个E3配体(能够招募E3连接酶的小分子)和806个Linker以及它们的化学结构、生物活性...
近日，浙江大学药学院侯廷军教授课题组在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs 的论文，对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年，是首个PROTAC在线数据平台，囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据，现已成为PROTAC领域的重要数据...
近年,人工智能辅助药物设计(AIDD)加速了包括PROTAC降解剂在内的药物开发,而药物分子数据库在AIDD中发挥着关键作用。 2024年9月初,来自浙江大学的Jingxuan Ge等人在 Nucleic Acids Research 上展示了在线数据库PROTAC-DB 3.0的更新内容。 PROTAC-DB 1.0 2.0 3.0的数据统计;3.0版本相比于2.0版本,还新增了部分PROTAC...
为了促进PROTAC的合理设计,浙江大学侯廷军教授课题组开发了PROTAC-DB数据库,对PROTAC的实验数据和结构信息进行了收集和注释,相关成果于近日发表在影响因子近12分的《Nucleic Acids Research》上,大家可以通过登陆网址http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/访问该数据库。
蛋白降解靶向嵌合体(Proteolytic targeting chimera,PROTAC)是一种新兴的药物治疗手段,其可介导靶蛋白和E3泛素连接酶间的相互作用,并通过泛素-蛋白酶体系统实现对靶蛋白的特异性降解。凭借着不同于传统小分子抑制剂的作用机制,PROTAC有望靶向过去被认为是无法成药的蛋白以及克服现有药物耐药,因此近年来受到工业界与学术...
数据库的查询和浏览 为了方便对PROTAC-DB中的数据进行检索,作者提供了检索和浏览工具。在检索工具上,PROTAC-DB可以进行基于文本的检索和基于结构的检索。基于文本的搜索是在整个PROTAC-DB中进行搜索的一种简单方式,只需输入单个术语,如目标名称、化合物名称或ID。对于基于结构的搜索,用户可以在ChemDoodle编辑器中输入...
1、PROTAC-DB数据 经过10多年的积累,科学界和产业界已经开发出上千种PROTAC分子。来自浙江大学的一个研究团队在发表于Nucleic Acids Research上的一篇文章中提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB。截止到2021年4月17日,该库收录了200多个靶点共2258个PROTAC、275个Warhead,68个E3 ligand以及1099个linker。
蛋白降解靶向嵌合体数据库PROTAC-DB 2.0来了! 蛋白降解靶向嵌合体(Proteolytic targeting chimera,PROTAC)是一种新兴的药物治疗手段,其可介导靶蛋白和E3泛素连接酶间的相互作用,并通过泛素-蛋白酶体系统实现对靶蛋白的特异性降解。凭借着不同于传统小分子抑制剂的作用机制,PROTAC有望靶向过去被认为是无法成药的蛋白...