PROTAC-DB 3.0的更新内容概览 [访问链接:http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/] 与在前两个版本(PROTAC-DB 1.0和2.0)中收集数据的方法一致,作者团队使用关键词‘degrader* OR proteolysis targeting chimera’在PubMed数据库中搜索原始论文,对于每篇文章,手...
PROTAC-DB 3.0较上一版数据库更新近一倍数据 基于分子相似性的搜索和排序 根据文献发表日期进行搜索结果排序 总结 参考资料 蛋白水解靶向嵌合体(Proteolysis-targeting chimera,PROTAC)是一种利用泛素-蛋白酶体系统靶向蛋白质降解的新兴治疗技术。然而,这一技术仍处于待成熟阶段,PROTAC分子的理性设计仍然是一个巨大的挑...
目前PROTAC的设计仍然是一个巨大的挑战,为了对PROTACs进行合理设计,本文提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB,它集成了PROTACs的结构信息和实验数据。目前,PROTAC-DB已经囊括了1662个PROTAC、202个弹头(靶向目标蛋白质的小分子)、65个E3配体(能够招募E3连接酶的小分子)和806个Linker以及它们的化学结构、生物活性...
近日，浙江大学药学院侯廷军教授课题组在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs 的论文，对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年，是首个PROTAC在线数据平台，囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据，现已成为PROTAC领域的重要数据...
数据库的查询和浏览 为了方便对PROTAC-DB中的数据进行检索,作者提供了检索和浏览工具。在检索工具上,PROTAC-DB可以进行基于文本的检索和基于结构的检索。基于文本的搜索是在整个PROTAC-DB中进行搜索的一种简单方式,只需输入单个术语,如目标名称、化合物名称或ID。对于基于结构的搜索,用户可以在ChemDoodle编辑器中输入...
2022年10月,浙江大学药学院侯廷军教授课题组在国际生物医药重要期刊《Nucleic Acids Research》上发表了论文“PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs”,对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年,是首个PROTAC在线...
值得注意的是,2024年9月,Ge等人发布了PROTAC-DB 3.0(http://cadd.zju.edu.cn/protacdb),这是目前规模最大、信息最全面的PROTAC专用数据库,积累了超过6000个PROTAC分子数据,涵盖了其降解能力、结合亲和力、活性、渗透性和药代动力学参数等信息。 表1. 用于分析PROTAC化学结构、生物活性数据和鉴定潜在靶标或E3...
不久前，来自浙江大学的一个研究团队在发表于Nucleic Acids Research上的一篇文章中提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB。该库收录了1600多个PROTAC、100多个靶点（如下图）、超过200个靶蛋白binder、超过60个E3连接酶配体以及超过800个linker。表1 100多个在研PROTAC靶点 来源：Nucleic Acids Research、PROTAC...
1、PROTAC-DB数据 经过10多年的积累,科学界和产业界已经开发出上千种PROTAC分子。来自浙江大学的一个研究团队在发表于Nucleic Acids Research上的一篇文章中提出了一个基于Web的开放式数据库PROTAC-DB。截止到2021年4月17日,该库收录了200多个靶点共2258个PROTAC、275个Warhead,68个E3ligand以及1099个linker。
图1 PROTAC-DB数据库(侯廷军,2020) (2) 2020年12月10日,Eric S. Fischer教授等人在Cell发表了他们对激酶组大规模的实验数据,公开了PROTAC实现诱导降解超过170个激酶靶标(表1)。 (Eric S.Fischer,数据截止2020年12月10日) (3) 上述两项工作,极大地方便了应用PROTAC技术的从业人员,作为补充,下文表2呈现了...