PROTAC-DB 3.0的更新内容概览 [访问链接:http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/] 与在前两个版本(PROTAC-DB 1.0和2.0)中收集数据的方法一致,作者团队使用关键词‘degrader* OR proteolysis targeting chimera’在PubMed数据库中搜索原始论文,对于每篇文章,手...
PROTAC-DB 3.0较上一版数据库更新近一倍数据 基于分子相似性的搜索和排序 根据文献发表日期进行搜索结果排序 总结 参考资料 蛋白水解靶向嵌合体(Proteolysis-targeting chimera,PROTAC)是一种利用泛素-蛋白酶体系统靶向蛋白质降解的新兴治疗技术。然而,这一技术仍处于待成熟阶段,PROTAC分子的理性设计仍然是一个巨大的挑...
目前,PROTAC-DB已经囊括了1662个PROTAC、202个弹头(靶向目标蛋白质的小分子)、65个E3配体(能够招募E3连接酶的小分子)和806个Linker以及它们的化学结构、生物活性和理化性质。其中,PROTAC-DB详细提供了弹头和E3配体的生物活性以及PROTAC的降解能力、结合亲和力和细胞活性。PROTAC-DB可以通过两种常用的搜索方法进行查询:...
近日，浙江大学药学院侯廷军教授课题组在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs 的论文，对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年，是首个PROTAC在线数据平台，囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据，现已成为PROTAC领域的重要数据...
值得注意的是,2024年9月,Ge等人发布了PROTAC-DB 3.0(http://cadd.zju.edu.cn/protacdb),这是目前规模最大、信息最全面的PROTAC专用数据库,积累了超过6000个PROTAC分子数据,涵盖了其降解能力、结合亲和力、活性、渗透性和药代动力学参数等信息。 表1. 用于分析PROTAC化学结构、生物活性数据和鉴定潜在靶标或E3...
Here, we present an updated online database, PROTAC-DB 3.0. In this third version, we have expanded the database to include 6111 PROTACs (87% increase compared to the 2.0 version). Additionally, the database now contains 569 warheads (small molecules targeting the protein), 2753 linkers, ...
目前,多数可激活PROTAC策略主要依赖单一病理刺激,然而这仍存在在非靶组织中被激活的风险。为了提高药物的选择性,该研究创新性地提出了一种“双激活门控”策略,即只有同时存在两个肿瘤相关刺激——低氧环境和组织蛋白酶L(Cath-L)活性时,才能激活PROTAC的功能。这一巧妙设计充分利用了...
为了方便对PROTAC-DB中的数据进行检索,作者提供了检索和浏览工具。在检索工具上,PROTAC-DB可以进行基于文本的检索和基于结构的检索。基于文本的搜索是在整个PROTAC-DB中进行搜索的一种简单方式,只需输入单个术语,如目标名称、化合物名称或ID。对于基于结构的搜索,用户可以在ChemDoodle编辑器中输入SMILES字符串、上传MOL...
根据PROTAC 的在线数据库(PROTAC-DB)显示,目前已经开发了2258 个 PROTAC,以针对 124 个不同的 POI。这些分子由 275 个 POI 结合配体与68 个 E3 连接酶配体连接而成(图 1B)。在 124 个 POI 中,研究最多的靶标是:雌激素受体 (ER)、雄激素受体 (AR)、BTK、ALK、BCR-ABL 和 BRD4,基于这一系列靶标...
PROTAC-DB收录的1600多个PROTAC分子，有24个是靶向IRAK4。C4 Therapeutics正在攻克的难成药靶点是BRD9。BRD9是蛋白质溴域家族成员。含溴结构域的蛋白质能够识别组蛋白和其他蛋白质上乙酰化的赖氨酸。在过去的10年里，它们引起了业界相当大的关注，因为它们具有可成药的口袋和一系列的生物学功能，包括作为表观遗传“...