由于长链非编码RNA(lncRNA)在人类疾病进展中发挥着关键作用,本研究旨在通过RNA测序(RNA-seq)研究ADS相关信使RNA(mRNA)和lncRNA,并基于lncRNA-mRNA共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行全面的生物信息学分析。方法:最初,从三名ADS和三名接受手术的非退行性腰椎创伤患者中获得六份全血(WB)样本,进行RNA-...
mRNA_index<-rownames(exp)%in%annos$V1[annos$V2=="protein_coding"]table(mRNA_index)lncRNA_index<-rownames(exp)%in%annos$V1[annos$V2=="lncRNA"]table(lncRNA_index) PCA和聚类热图 代码语言:javascript 复制 draw_pca<-function(exp){exp=t(exp)#画PCA图时要求是行名时样本名,列名时探针名,因此...
LncRNAMmRNA 集昉芋GO,AnaLys sconfrovs CasenRNAGenerAa.mRNAncRNA 8,xp,SBiMRNA41,nft一p, NefworKasn炉 corikroTaTNCD一 work
通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA 肿瘤 发育 遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题 ...
(3)RNA-Seq联合RNA-Bisseq筛选确定HGH1为乳腺癌m5C调控的潜在靶基因 由于NSUN2是负责RNA m5C修饰的主要甲基转移酶,研究人员分析了NSUN2促进乳腺癌(BC)进展机制:从5名临床患者中选择癌症和邻近组织样本,进行转录组分析(RNA-seq)和mRNA m5C亚硫酸盐测序(RNA-BS)。
结论:(1)党参干预能够保护小鼠胰腺组织结构在衰老过程中免受损伤.(2)党参干预可以改变衰老小鼠胰腺组织lnc RNA,mRNA表达谱,经过生物信息学分析发现了党参抗胰腺衰老的多个生物学通路,其中脂肪酸代谢,线粒体,新陈代谢通路,癌症通路与党参抗小鼠胰腺衰老相关.(3)NONMMUT026973,Dpep1,Eci1,Serpini2基因与党参抗小鼠...
由于RP5-1180C10.2是一种已知的lncRNA,研究人员选择HGH1作为18个基因中的重要候选基因。对TCGA数据库的分析也显示HGH1在乳腺肿瘤组织中高表达(图3G)。 此外,高HGH1表达的患者相比低HGH1表达的患者生存率相对较差(图3H)。 研究人员还收集了临床患者样本以验证HGH1在BC组织中的RNA和蛋白水平上都比邻近组织更高表达...
(2)LncRNA-mRNA芯片检测:利用LncRNA-mRNA芯片技术对提取的LncRNA进行检测,比较RA患者与健康人之间LncRNA表达差异。(3)生物信息学分析:对差异表达的LncRNA进行生物信息学分析,预测其功能及靶基因。(4)体外实验:利用PCR等技术验证芯片结果的可靠性,同时探究类叶牡丹对LncRNA及mRNA表达的影响。(5)统计学分析:所有...
由于RP5-1180C10.2是一种已知的lncRNA,研究人员选择HGH1作为18个基因中的重要候选基因。对TCGA数据库的分析也显示HGH1在乳腺肿瘤组织中高表达(图3G)。 此外,高HGH1表达的患者相比低HGH1表达的患者生存率相对较差(图3H)。 研究人员还收集了临床患者样本以验证HGH1在BC组织中的RNA和蛋白水平上都比邻近组织更高表达...
1实验介绍人类基因组测序结果分析表明,全基因组中能够编码蛋白质的DNA 仅占有很少一部分,绝大部分为不编码蛋白质的DNA,这些DNA转录形成的产物即为非编码RNA。非编码RNA(包含microRNA和long no-coding RNA)在细胞分化和代谢等生命活动中扮演着举足轻重的作用。lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展...